Название Фарнезина появилось только в 1580-е годы, когда виллу приобрел Алессандро Фарнезе, Великий кардинал. Иногда архитектурный проект виллы Фарнезина приписывают самому Рафаэлю. См. напр.: Oppe. Raphael. P. 61. Не многие исследователи с этим согласны, тем более что работы на вилле, по всей видимости, начались еще в 1506 году, до того как Рафаэль перебрался в Рим.