Эстонский паром затонул в ночь с 27 сентября на 28 сентября 1994 года. В результате крушения пропали без вести 757 человек и погибли 95 из 989 находившихся на борту пассажиров и членов экипажа. Это крупнейшее в Европе кораблекрушение в мирное время. По последствиям и количеству жертв ее можно сравнивать только с самой крупной морской трагедией в истории Эстонии, которая случилась 24 августа 1941 года, когда на выходе из Таллинского порта после атаки немецких самолетов получило пробоины и затонуло возле острова Прангли самое крупнотоннажное судно Эстонии, пароход «Эстонское побережье», на котором покидало Таллин несколько тысяч человек.

Паром должен был курсировать между Турку, Мариехамном и Стокгольмом. В 1991 году паромом стала управлять компания «Wasa Line», которая полностью находилась в собственности «Silja Line», и паром, теперь под именем «Wasa King», стал курсировать между финским городом Вааса и шведским городом Умео. В январе 1993 года для обеспечения паромного сообщения между Таллином и Стокгольмом шведская компания «Nordström & Thulin» и «Эстонская судоходная компания» создали совместное предприятие «Эстлайн», которое приобрело паром Wasa King, переименовав его в «Эстония».

«Эстония» покинула таллинский порт вечером 27 сентября 1994 года, когда в море бушевал шторм, а скорость ветра превышала 20 метров в секунду. В полночь «Эстония» разминулась в море с паромом «Мариэлла», на котором скорость парома «Эстония» посчитали слишком высокой. В половине второго ночи с судна было отправлено короткое сообщение о помощи, вскоре судно пропало с радара парома «Мариэлла». Отправителем сообщения считают предположительно второго или четвертого штурмана. Из сообщения понятно, что крен судна в тот момент очень опасный — 20–30 градусов, и слышно, что на корабле включена противотуманная сирена, чтобы разбудить пассажиров. Паром затонул между 00:55 и 01:50.

На помощь поспешили находящиеся в ближайших водах паромы сообщения Хельсинки — Стокгольм: «Силья Симфония», «Силья Европа», «Изабелла», «Мариэлла», немецкий пассажирский «Finnjet». Поблизости был эстонский грузовой корабль, но он продолжил свой путь на юг. В дальнейшем на место прибыли финские сторожевики «Tursas» и «Valpas» и тральщик «Uusimaa» со своими водолазами. На месте крушения был такой сильный шторм, что прибывшие первыми паромы не смогли спасти всех оказавшихся в воде. Оставшихся в живых были вынуждены собирать с поверхности силами ныряльщиков береговой охраны и воздушных сил Финляндии и Швеции, вертолетами спасательного отряда Хельсинки, и вертолетами частных лиц только с наступлением утра.

Находящиеся на месте корабли, большей частью на «Мариэллу», спасли всего 38 человек. Финские вертолеты, главным образом борт береговой охраны «Super Puma», спасли 49 человек. Шведские вертолеты — 50. Всего над «Эстонией» летало 13 шведских, 12 финских, два датских и один российский вертолет. С накренившейся «Эстонии» не успели спустить большинство имевшихся спасательных шлюпок, но самонадувающихся резиновых плотов на волнах было множество. Проблемой было то, что сильный ветер быстро уносил спасательные плоты с места крушения, где плавали в ночных рубашках пассажиры. Из 989 находившихся на борту спасли 137 человек, при этом пропали без вести 757 человек и были опознаны 95 погибших. Среди погибших оказался популярный эстонский певец Урмас Алендер. 852 погибших и пропавших без вести людей были гражданами 17 государств.

В ноябре 1994 года носовой визор «Эстонии» был поднят с помощью дистанционно управляемого робота для исследования. В начале декабря норвежская компания Rockwater, специализирующаяся на подводных работах, исследовала затонувший корабль на средства шведского государства. Использовали в качестве базового судна паром «Semi 1», с которого погружения выполняли с помощью подводного колокола и специальной газовой смеси. Главной задачей водолазов было найти бортовой компьютер и доставить его следственной комиссии. Компьютер не был найден, предположительно его вырвало и смыло штормом из окна, и он затерян где-то в донном иле. Это дало дополнительную пищу желтой прессе, например, в прессе звучали версии о том, что паром мог пойти на дно из-за специально организованного взрыва на борту, что кто-то пытался провезти на нем контрабандный груз или это мог быть взрыв советской военной техники.

Возможность подъема судна отвергли позднее, в декабре, и решили оставить его на месте, запечатав бетоном. Погружение к останкам корабля запрещено, исполнение запрета возложено на финские власти. Судно лежит на боку в 35 километрах на юго-юго-восток от финского острова Уте за пределами финских территориальных вод на глубине около 60 метров. Согласно официальному заключению эстонско-финско-шведской комиссии, причиной гибели парома стали недостатки в конструкции судов типа «Ролкер» (также называемые «ro-ro»). 19 февраля 2009 года правительство Эстонии распустило комиссию по расследованию причин трагедии после ее четвертого отчета. В качестве наиболее вероятной причины гибели парома были названы его конструктивные недостатки (отрыв носового визора) и тяжелые погодные условия.