В. А. Джанибеков родился в поселке Искандер Бостандыкского района Южно-Казахстанской области (Казахская ССР). В 1962 г. эту территорию обменяли на земли в хлопкосеющем регионе Голодной степи Узбекской ССР.
Перед первым полетом в космос Владимиру настоятельно посоветовали сменить свою фамилию Крысин (он русский по национальности) на фамилию жены – Лилии Джанибековой. Позже была придумана легенда, что «род жены прервался по мужской линии и старейшины слезно обратились к Владимиру взять фамилию жены и тем самым продолжить славный род хана Золотой Орды Джанибека».
