После бегства гибеллинов флорентийцы установили новый порядок управления. Избраны были двенадцать начальников, власть им давалась на два месяца и назывались они уже не анцианами, а добрыми мужами, затем совет доверенных из восьмидесяти граждан под названием Креденца и, наконец, сто восемьдесят пополанов, по тридцати человек от сестьеры, которые вместе с Креденцой и Двенадцатью добрыми мужами составляли Общий совет. Учрежден был также еще один совет в составе ста двадцати горожан, пополанов и нобилей, который принимал окончательные решения по всем делам, рассматриваемым другими советами, и ведал назначением всех должностных лиц в республике. После того как был установлен этот порядок управления, партию гвельфов еще усилили, что дало бы им возможность лучше защищаться от гибеллинов. Имущество последних разделили на три части: первую взяли в казну коммуны, вторую отдали магистратуре гвельфской партии, членов которой именовали капитанами, третью роздали всем прочим гвельфам в вознаграждение за понесенный ими ущерб. Папа со своей стороны, дабы Тоскана оставалась гвельфской, назначил короля Карла имперским викарием Тосканы. Благодаря своему новому образу правления Флоренция блистательно поддерживала свою славу, ибо во внутренних делах государства царила законность, а вовне успешно действовали ее вооруженные силы. Вскоре, однако, папа скончался, и после споров, длившихся в течение двух лет, избран был Григорий X, который долгое время прожил в Сирии и находился там, даже когда его избрали на папский престол. Вследствие этого он плохо разбирался в борьбе итальянских партий и смотрел на них не так, как его предшественники. Остановившись во Флоренции на пути во Францию, он счел, что доброму пастырю подобает добиться единства среди граждан города, и стал действовать в этом направлении, так что флорентийцы согласились принять синдиков гибеллинов и вступить с ними в переговоры об условиях возвращения гибеллинов. Однако, хотя стороны достигли соглашения, гибеллины испытывали теперь такой страх, что возвратиться не пожелали. Папа решил, что виноват в этом город, и в гневе наложил на Флоренцию отлучение, каковое тяготело над нею, пока Григорий X был жив; после же его смерти новый папа Иннокентий V вновь дал городу пастырское благословение.

Затем начался понтификат Николая III, происходившего из дома Орсини. Так как папы не переставали опасаться всех, кто возвышался в Италии, даже если возвышением своим он обязан был той же церкви, и тотчас же старались его как-нибудь принизить, следствием такой политики были в Италии непрерывные смуты и перевороты: могущественного государя страшились и противопоставляли ему другого, пока еще слабого, но как только он набирался силы, его начинали бояться и пытались ослабить. Из-за этого королевская власть была отнята у Манфреда и передана Карлу, который тоже стал вызывать страх и стремление погубить его. Движимый этими побуждениями, Николай III успешно повел интригу и с помощью императора лишил Карла наместничества в Тоскане и под именем имперского викария послал туда мессера Латино в качестве своего легата.