Чтобы использовать загруженные через Power Query данные в Power Pivot, после импорта (и при необходимости преобразования в Power Query) нажмите «Загрузить в» (Load To) и активируйте галочку «Добавить эти данные в модель данных» (Add this data to the Data Model).

Если при этом вам не нужно выводить эти данные на лист Excel как сводную таблицу, а только загрузить в Power Pivot для дальнейшей обработки в модели данных, выберите способ «Только создать подключение» (Only Create Connection). Тогда вы загрузите данные в модель Power Pivot, а на листах книги Excel они никак не отобразятся.