За связь с Огюстеном Робеспьером, братом известного деятеля якобинцев, генерал Бонапарт был арестован и заключен в крепость (1795). К этому был причастен член Комитета общественного спасения Франсуа Обри (1750–1802), который сместил со своих постов многих заслуженных военных, приписав им порочащие их связи, среди них, в частности, были Массена и Бонапарт.