Разгром ФАГМ производился силами отрядов чекистов, латышских стрелков и красных курсантов. Ни Красная армия, ни Красная гвардия к операции не привлекались, что свидетельствует о недоверии советской власти к собственным силам в столь «деликатной» операции. По официальным данным, было арестовано около 600 анархистов. Под предлогом «борьбы с бандитизмом» Федерацию изгнали из всех помещений, занимаемых ею, — в т. ч. предоставленных ранее самой властью. Были ликвидированы библиотеки, клубы, мастерские, коммуны и даже «Пролетарский театр» анархистов.
