Святитель Афанасий III Пателарий родился в 1597 г. в Ретимноне на острове Крит. Происходил из знатного рода, связанного с византийской династией Палеологов; отец его, Григорий, был ученым, философом и публицистом, а старший брат Евстафий – врачом. До 26 лет Афанасий Пателарий жил на Крите, который находился под властью венецианцев; получил образование в монастыре Аркадиу, хорошо знал философию, древнегреческий, латинский, еврейский, арабский и итальянский языки. Монашество принял в критском подворье Синайского монастыря и вскоре прославился в Кании (совр. Ханья), одном из городов острова, как выдающийся проповедник и толкователь Священного Писания. В 1626 г. Афанасий Пателарий был назначен учителем в Валахию, где по поручению Константинопольского Патриарха Кирилла I Лукариса перевел с еврейского языка на новогреческий Псалтирь. Патриарх Кирилл вызвал своего земляка Афанасия Пателария в Константинополь и назначил проповедником при Константинопольском Патриархате. В 1631 г. Афанасий Пателарий был рукоположен во митрополита Фессалоник. Чтобы покрыть огромные долги своей кафедры, он обращался за помощью к царю Михаилу Феодоровичу. После того как патриарх Кирилл II Кондарис, добившийся низложения Кирилла Лукариса, сам был низложен и сослан (1633), в феврале 1634 г. Афанасий Пателарий был избран патриархом Константинопольским; интронизация его состоялась 25 марта, но уже через несколько дней он уступил престол вернувшемуся из ссылки Кириллу Лукарису и удалился на Афон; на месте его кельи впоследствии возник русский скит апостола Андрея.

После вторичного низложения Кирилла I (1635) Афанасий Пателарий уехал в Италию, где жил в Анконе и Венеции и получил от папы предложение стать кардиналом в том случае, если подпишет католический символ веры. Вскоре Афанасий Пателарий был призван своими сторонниками в Константинополь, где в 1637 г. патриархом вновь стал Кирилл Лукарис. После его мученической кончины (26 июня 1638) Афанасий Пателарий был претендентом на Патриарший престол; в августе 1639 г. новый патриарх Парфений I (1639–1644) потребовал от него отречься от Патриаршего титула и вернуться на Фессалоникийскую кафедру. За долги митрополии святителю Афанасию пришлось претерпеть заключение; в это время он дважды обращался за милостыней к русскому царю. В 1643 г. Афанасий Пателарий отправился в Россию, но по дороге заболел и остановился в Молдавии у господаря Василия Лупу, откуда вновь обратился в Москву с просьбой о милостыне. В г. Галаце он устроил обитель святителя Николая в качестве подворья Синайского монастыря великомученицы Екатерины. В 1652 г. святитель Афанасий вернулся в Константинополь и вторично занял Патриарший престол. Пробыв на кафедре также всего несколько дней, в июле 1652 г. он добровольно отрекся от престола. 8 октября 1652 г. он навсегда покинул Константинополь; побывав в Яссах у господаря Василия Лупу, затем в Чигирине у гетмана Богдана Хмельницкого, святитель Афанасий отправился в Москву с грамотами русскому царю от этих правителей. 16 апреля 1653 г. он прибыл в Москву и 22 апреля был принят царем Алексеем Михайловичем. В Москве он проживал на Кирилловском подворье, совершал богослужения в Новоспасском монастыре, в Спасском соборе Теремного дворца; в июне 1653 г. посетил Троице-Сергиев монастырь.

Несколько раз Афанасий Пателарий обращался к царю с челобитными о милостыне, и государь щедро одаривал святителя. Афанасий Пателарий оказал влияние на церковные исправления, которые проводил Патриарх Никон.

В конце декабря 1653 г. святитель Афанасий выехал из Москвы обратно в Молдавию, чтобы поселиться в Никольском монастыре в Галаце. По дороге он гостил в Чигирине у Богдана Хмельницкого. В феврале 1654 г. он остановился в Мгарском Преображенском монастыре близ г. Лубны (совр. Полтавская обл.), где в среду на Фоминой седмице преставился. Он был погребен игуменом монастыря под амвоном Преображенского храма по восточному обычаю сидящим на троне. 1 февраля 1662 г. в присутствии посетившего Лубенскую обитель Газского митрополита Паисия Лигарида, которому, по его словам, святитель Афанасий явился во сне, состоялось обретение нетленных мощей святителя. Святые мощи были облачены в новые ризы и помещены в специально сооруженную раку. После этого события Афанасий Пателарий стал являться многим во сне, благословляя, наставляя и исцеляя болящих; многочисленные исцеления происходили и от гробницы святого.

В 1672 г. известие об обретении нетленных мощей святителя Афанасия и о происходивших от них чудотворениях было получено в Москве.

В 1818 г. Полтавский епископ Мефодий (Пишнячевский) ходатайствовал перед Святейшим Синодом о канонизации Афанасия Пателария. Ходатайство Полтавского архиерея было отклонено, однако почитание святителя и запись происходивших по молитвам к нему чудес продолжались. Окончательно почитание святителя Афанасия было принято в Русской Православной Церкви в конце XIX в.

В 30-х гг. XX в., после упразднения Мгарского Преображенского монастыря, мощи святителя Афанасия были перевезены в Харьков и с тех пор покоятся в харьковском Благовещенском кафедральном соборе. С именем этого угодника Божия связана чудотворная икона Пресвятой Богородицы «В скорбех и печалех утешение».