По своей структуре книга четко делится на два параллельных раздела, каждый из которых состоит из двух глав.

1-я глава начинается с того, что Бог повелевает Ионе встать, идти в Ниневию и проповедовать ей. Когда же Иона действительно встает (Иона 1, 3), как мы и ожидали бы от послушного пророка, то лишь для того, чтобы бежать в противоположном направлении, в Фарсис, возможно, в Южную Испанию, на другой конец света. В ответ Бог дает волю природным стихиям, чтобы вынудить его вернуться. На корабле находится языческая команда, которая пытается понять, что происходит. Моряки распознают причину постигшего их горя в Ионе, ищут ответа, почему и видят в шторме руку Божию. Они изо всех сил стараются спасти Иону. Его просьба бросить его за борт может рассматриваться как акт самопожертвования ради них или свидетельство его собственного желания умереть, хотя правильным ответом для него была бы просьба отвезти его назад в Яффу. Однако своей просьбой бросить его за борт, вместо того чтобы просто прыгнуть в море самому, он повергает их в новое затруднение. Оказавшись перед выбором между бездействием, а значит, потоплением, и выбрасыванием Ионы за борт, а значит, смертной карой за пролитие неповинной крови, они молятся Богу, Который Один в силах развязать этот сложный узел. В конце концов они бросают Иону за борт и шторм утихает.

Затем моряки приносят жертвы и дают обеты Богу Израилеву, а возможно, как предполагает позднейшая еврейская традиция, в результате обращаются в веру Израиля.

Во 2-й главе мы видим Иону, спасенного от потопления огромной рыбой (в Славянской Библии – «кит великий») и молящегося Богу из ее чрева. Бог отвечает ему, и рыба извергает его наружу.

«И повелел Господь большому киту проглотить Иону; и был Иона во чреве этого кита три дня и три ночи» (Иона 2, 1) – вопрос о том, реально ли это чудо, возникал неоднократно. В пользу реальности этого события приведем свидетельства самые серьезные, прозвучавшие из уст Самого Христа. «Но Он сказал им в ответ: род лукавый и прелюбодейный ищет знамения; и знамение не дастся ему, кроме знамения Ионы пророка; ибо как Иона был во чреве кита три дня и три ночи, так и Сын Человеческий будет в сердце земли три дня и три ночи. Ниневитяне восстанут на суд с родом сим и осудят его, ибо они покаялись от проповеди Иониной; и вот, здесь больше Ионы» (Мф. 12:39–41). Если эта книга – просто притча, литературный вымысел, то выходит, что Христос – еще больший вымысел? А если истинно воскрес Христос в третий день, то и с Ионой произошло все так, как сказано в книге.

В 3-й главе рассказывается о втором призыве Ионы почти в тех же выражениях, что и в 1-й главе, с использованием тех же трех слов: «встань», «иди» и «проповедуй». На этот раз Иона полностью повинуется, он встает, идет в Ниневию (Иона 3, 3) и проповедует (Иона 3, 4). Его немногие слова к ниневитянам, еще одному языческому сообществу, подобному морякам, приводят их к покаянию. Несмотря на то что приговор Ионы не дает никакой надежды, их царь провозглашает, что Бог может передумать в ответ на перемену в их поведении, если они обратятся от злых путей своих и насилия рук своих. Его надежда выражается в тех же словах, что и у капитана: «и мы не погибнем» (Иона 3, 6, 9). Бог видит, что они обращаются от зла, и не истребляет их.

4-я глава рисует раздраженного Иону, снова молящегося Богу, как и в главе 2, хотя здесь ответ Бога приводится более подробно и в форме диалога, состоящего из слов, перемежающихся действиями. Бог повелевает еще трем природным силам воздействовать на Иону. В результате желание Ионы умереть из-за прощения Ниневии сменяется желанием умереть в силу страданий физических (ср. Иона 4, 3–4 и 4, 8–9). В финальном вопросе Бог предполагает, что Иона сожалеет о растении, которое давало ему тень, хотя ранее этого не было сказано о его фактических переживаниях, и, конечно, в состоянии понять, по аналогии, почему Бог смилостивился над Ниневией с множеством жителей и скота. Книга заканчивается этим самым вопросом.

В 1-й и 3-й главах рассказ об Ионе вписан в общую структуру жизни внешнего языческого мира. В обоих случаях глава язычников (капитан, царь) признает наличие единой Божественной силы, к которой они и обращаются. Важно отметить, что здесь совершенно специфическим образом используются два разных слова со значением «Бог». Еврейское «Элохи́м», которое обычно переводится как «Бог», является общим термином, обозначающим Бога (а также божественные существа, других богов, ангелов и могущественных людей), здесь же оно употребляется как высшая Божественная сила. Тетраграмматон «Яхве́» является израильским именем Всевышнего Бога вселенной, с Которым у Израиля существуют особые отношения Завета. И если моряки отождествляют спасшего их Бога (Элохи́м) с Богом Израиля и, таким образом, молятся Яхве́, ниневитяне совершают покаяние перед Богом (Элохи́м), но не поднимаются до признания Его Яхве́.

2-я и 4-я главы содержат внутреннюю дискуссию между Ионой и Богом, представленную в форме молитвы, Божественных ответов в словах и действиях, а также некоторых физических явлений, направленных против Ионы.