Метод фМРТ основан на регистрации изменений кровотока, связанных с уровнем активности разных зон мозга в разных ситуациях. Определенным цветом на фМРТ-сканах подсвечиваются активные области мозга, то есть те, к которым притекло больше крови. И хотя так можно фиксировать нейронную активность в объеме мозга, ограниченном всего несколькими миллиметрами, метод пока не лишен недостатков в плане статистической обработки и интерпретации данных.