Относительно флагов и штандартов в Боснии в эпоху Средневековья сохранилось не так уж много сведений, и они довольно противоречивы. Так, есть упоминания о том, что символом боснийских правителей были полотнища, составленные из двух вертикальных полос – красной и желтой, с изображением восьмиконечной звезды или креста. В эпоху феодальной раздробленности на территории Боснии появляется герцогство святого Саввы, давшее начало истории Герцеговины. Там встречались красные флаги с двумя белыми крестами.
Когда Босния вошла в состав Османской империи, там развернулось мощное освободительное движение. Интересно, что повстанцы часто практически копировали государственную символику османов, изображая на своих знаменах полумесяцы и звезды. Правда, иногда эти флаги все же незначительно отличались от османских расцветкой или размещением на полотне элементов символики.
После вхождения Боснии в состав Югославии государственный флаг упразднили, но в годы Второй мировой войны боснийские партизаны создали свой собственный флаг – алое полотнище с золотым (желтым) контуром пятиконечной звезды. При выборе нового государственного символа в начале 1990-х годов было предложено множество вариантов, но в итоге был принят предложенный Карлосом Вестендорпом.