Флаг, ныне являющийся государственным символом признанного государства Южный Судан, был создан и утвержден еще до окончательного формирования государства, во время тяжелой гражданской войны между арабским и «неарабским» населением. В настоящее время положение Южного Судана крайне неустойчиво, даже данные о численности населения приблизительны: от 7 миллионов до 13 миллионов человек!

Золотая звезда на флаге символизирует путь к миру и процветанию. Черная полоса символизирует население страны, зеленый и синий олицетворяют сельское хозяйство и реку Нил соответственно.