Что же касается герба государства, то он был принят одновременно с флагом. В его основе – белый (серебряный) щит, на котором изображено хлопковое дерево – бомбакс. Это крупное дерево (высота его может достигать 70 метров!) встречается и в Африке, и в Центральной и Южной Америке. Плоды-коробочки этого дерева изнутри выстланы пушистыми целлюлозными волокнами, напоминающими хлопок (отсюда название). Их используют как теплоизоляционный материал, набивают волокнами дорогую мягкую мебель… Из семян дерева получают масло, правда не слишком высококачественное и использующееся в основном в производстве бытовой химии. В прошлом сбор и последующая торговля волокнами бомбакса представляли собой трудоемкий, но выгодный процесс. Ныне их постепенно вытесняют искусственные материалы, но в шестидесятых годах они еще не были распространены так широко, и нет ничего удивительного в том, что хлопковое дерево было изображено на флаге Экваториальной Гвинеи.
Над изображением бомбакса располагаются шесть звездочек, которые символизируют материковую часть государства и пять входящих в его состав островов. Под щитом на белой (серебряной) ленте начертан девиз «UNIDAD PAZ Y JUSTICIA» («Единство, мир и справедливость»).