Получив официальную независимость в 1986 году, Микронезия остается в статусе государства, «свободно ассоциированного с Соединенными Штатами Америки». Девизом государства является «Мир, единство, свобода!».

Символика флага предельно проста: голубое полотнище символизирует Тихий океан, а четыре белые пятиконечные звезды – островные группы Косраэ, Яп, Понпеи и Чуук. За образец была взята цветовая гамма флага ООН.