На протяжении многих веков на эти земли претендовали Португалия, Иран, Великобритания (в итоге Бахрейн был превращен в английскую колонию).

Изначально флаг Бахрейна представлял собой просто алое полотнище. В первой половине XIX века, после достижения политических договоренностей с англичанами, к нему была добавлена белая полоса возле древка. Затем, чтобы отличать государственный символ Бахрейна от других схожих с ним, границу между полосами цвета сделали зигзагообразной. Сейчас на флаге – пять белых зубцов, соответствующих «пяти столпам ислама».