В 1960-х – начале 1970-х годов на островах действовало «Движение за освобождение Сан-Томе и Принсипи» («Movimento de Libertação de São Tomé e Príncipe», или MLSTP; у нас его обычно обозначают как МЛСТП). Флаг был оформлен в типичных панафриканских цветах, так как большинство населения островов – темнокожие, потомки завезенных сюда рабов. Две звезды символизировали два главных острова (в состав государства ныне входят собственно острова Сан-Томе и Принсипи и шесть островов поменьше).

Именно флаг МЛСТП был взят за образец при создании флага государственного, принятого в 1975 году.