В колониальные времена в качестве государственного здесь использовался французский флаг. С 1963 года начинается борьба за независимость и самоопределение, и появляется новый флаг: на зеленом полотнище полумесяц и четыре пятиконечные звезды (большинство населения – мусульмане; звезды символизируют острова). В последующие годы расположение элементов оформления флага несколько раз изменилось. На современном флаге сохранились месяц и звезды, но добавились четыре цветные полосы, также олицетворяющие острова Мвали, Майотта, Анжуан и Гранд-Комор (данный вариант флага принят в 2002 году).