Еще во время Итальянской компании Бонапарт вынашивал планы, касающиеся Средиземноморья. «Французская республика рассматривает Средиземное море как свое море и стремится там доминировать», – заявил он австрийскому представителю. По всей видимости, тогда же у командующего Итальянской армией и зародились планы Египетского похода.

Экспедиция в Египет готовилась в крайне сжатые сроки: уже 19 мая 1798 года эскадра вышла из Тулона, а 9 июня была на рейде Мальты, которую Бонапарт считал одной из ключевых точек для контроля над Средиземноморьем. На захват острова потребовалось всего несколько дней.

22 июня в преддверии прибытия в Египет командующий обратился к армии с просьбой уважать традиции местного населения:

Отправившаяся в Египетский поход армия была невелика. Изначально в ней состояли 54 тысячи человек, в число которых входили 26 тысяч моряков и 3 тысячи солдат, оставленных на Мальте. Французы надеялись, что египтяне встретят их как освободителей. Обращаясь к местным жителям, командующий заявлял:

2 июля французы высадились на берег рядом с Александрией и мгновенно захватили город. Разгромив мамелюков 21 июля в знаменитой битве у Пирамид, они вступили в Каир. Однако не прошло и двух недель, как Англия нанесла ответный удар: командовавший английской эскадрой адмирал Горацио Нельсон не сумел перехватить Бонапарта по пути в Египет, однако полностью уничтожил французский флот 1–2 августа у его берегов в битве при Абукире. Уцелело лишь два судна; армия оказалась отрезана от метрополии, получение подкреплений из Франции стало невозможным.

Подчинив большую часть Египта, Бонапарт в конце декабря узнал, что Османская империя планирует против французов комбинированное наступление, предусматривавшее вторжение в Египет по суше со стороны Сирии и одновременно высадку десанта на побережье. Французский главнокомандующий принял решение лично вести свои войска в Сирию, разгромить турецкие части на ее территории и вернуться в Египет до того времени, как погода начнет благоприятствовать высадке десанта.

20 февраля французские войска захватили форт Эль-Ариш на сирийско-египетской границе, три дня спустя пала Газа, 7 марта – Яффа. Однако взять Акру французам так и не удалось, и 21 мая, понеся значительные потери, они двинулись в обратный путь. И хотя 25 июля Бонапарт смог разгромить под Абукиром и сбросить в море высаженный турками десант, перспектива плачевного исхода экспедиции была для него очевидна.

Французская армия испытывала большие проблемы с финансированием и снабжением. Заставить население Египта видеть в европейцах освободителей оказалось невозможно. Слова о том, что войска Бонапарта лишили власти папу римского и мальтийских рыцарей, не убеждали мусульман в симпатиях французов к исламу, а лишь заставляли видеть в них безбожников, тем более что вопреки всем приказам начальства солдаты Республики не проявляли уважения к местным обычаям. Жестокое обращение французов с египтянами, широкое использование ими террора, грабительские контрибуции, осквернение мусульманских святынь – все это побуждало население к вооруженному сопротивлению оккупантам. Однако восстание жителей Каира в октябре 1798 года было жестоко подавлено французской армией.