Четыре года спустя, когда Германия вторглась в Польшу и разделила ее с Советским Союзом, Рудольф Гесс вызвал Франка в Силезию на личную встречу с Гитлером. В результате десятиминутной беседы Франк был назначен генерал-губернатором оккупированной Германией части Польши, личным представителем Гитлера на территории, включавшей Варшаву на севере и Краков на западе, с общей численностью населения 11,5 миллионов человек. Франк занял эту должность 25 октября 1939 года. Указом Гитлера предусматривалось, чтобы Франк отчитывался ему персонально (Лемкин отметил этот момент), а вся администрация «подчинялась генерал-губернатору». Отныне Франк правил безраздельно; его жена, Бригитта, сделалась королевой.

В одном из первых интервью Франк назвал Польшу «колонией», а ее жителей – «рабами великой германской мировой империи» (берлинские юристы побеспокоились о том, чтобы на новые территории не распространялось международное право, действующее на оккупированных территориях: генерал-губернаторство рассматривалось как присоединенные к Рейху земли, а значит, здесь применялось немецкое право, не ограничиваемое какими-либо международными правилами). Для вящего унижения поляков Франк со своими подручными разместился в Кракове в Вавельском замке, бывшей резиденции польских королей. С ним здесь поселились Бригитта и пятеро детей, включая младшего, Никласа, появившегося на свет за несколько месяцев до того в Мюнхене. Успевший побывать в Вене Отто Вехтер был назначен губернатором Краковского дистрикта, одним из пяти заместителей Франка.

Франк вел себя как феодальный правитель. Полякам внушалось, что они полностью в его власти: это вам не «конституционное государство», граждане которого наделены правами, никакой защиты для меньшинств тут не предусматривается. Варшава жестоко пострадала в недолгой войне, однако отстраивать ее Франк не собирался. Он сразу же издал ряд указов, многие из которых отправятся вместе с Лемкиным в полукругосветное путешествие. Распоряжения Франка охватывали большую территорию и множество тем, от дикой природы (которой обеспечивалась защита) до евреев (которые всякой защиты были лишены). С 1 декабря все евреи старше 10 лет обязывались носить на правом рукаве и уличной, и домашней одежды белую повязку шириной не менее десяти сантиметров со звездой Давида. Для экономии государственных средств евреям велено было шить эти повязки самим.

С самого начала своего правления Франк вел служебный дневник (Diensttagebuch), список своих дел и достижений. К тому моменту, когда ему пришлось расстаться с Краковом, накопилось по меньшей мере тридцать восемь томов улик, одиннадцать тысяч страниц ежедневных записей, которые печатали двое секретарей. Самые ранние записи отражают тот дух строительства навеки, что был характерен для гитлеровского режима: согласно желанию Гиммлера «все евреи эвакуировались с новоприобретенных территорий Рейха». Жестоко обращались и с поляками. 11 ноября, опасаясь, как бы им не вздумалось отмечать старый День независимости, Франк издал декрет, грозящий смертью за попытку расклеивать праздничные плакаты. Генерал-губернатор присвоил себе полную власть над жизнью и смертью и намеревался ею воспользоваться. Теперь он мог осуществить идеи, высказанные в 1935 году на Берлинском конгрессе: единственным источником права в его генерал-губернаторстве становилось «национальное сообщество», а человек покорялся воле суверена, фюрера.