За что формально судили верующих?

Государственная идеология советского периода не признавала ни Церкви, ни Христа. Уже одно присутствие Церкви в мире, с позиции власти, было направлено против нее. В середине 20-х гг. XX в. с целью уничтожения Русской Православной Церкви ОГПУ были созданы в ней обновленческий и григорианский расколы. Обновленческие и григорианские архиереи и клирики были запрещены в священнослужении Священноначалием Русской Церкви. В 1940-х годах раскольничьи были упразднены НКВД, признавшим их деятельность для целей государства неэффективной.

Право безгласного существования Церкви было прописано в Конституции — наследии европейского Просвещения, а с ним связывали свое идейное прошлое большевики. И духовенству и верующим всегда предъявлялось обвинение в антигосударственной деятельности, в деятельности, направленной против существовавшей тогда власти. А поскольку власть в то время была советская — то в антисоветской деятельности и антисоветской пропаганде. И только в редких случаях в предъявляемых обвинениях хотя как-то говорилось о вере.