Генетический анализ немногих сохранившихся до наших дней потомков айнов и современных японцев показывает, что между ними практически не происходило смешения, несмотря на тысячелетия сосуществования. Скорее всего, две нации находились в постоянной конфронтации до такой степени, что даже при вынужденном взаимопроникновении этносов (например, при захвате пленных, попадании в рабство и пр.) рождение смешанных детей было редким, и они не имели возможности оставить достаточного потомства.
