Япония представляет собой архипелаг, состоящий из четырех больших островов и более 6000 мелких, в основном необитаемых. Совокупная площадь страны сопоставима с территорией Калифорнии или Италии. С севера на юг расположены четыре главных острова в следующем порядке: Хоккайдо, Хонсю, Сикоку и Кюсю. Из более мелких островов двумя самыми населенными являются Окинава в южной группе островов Рюкю и Садо к северу от Хонсю. Близость к морю оказала огромное влияние на культуру и общество этого островного народа: море — важнейший источник пищи, климатический фактор, а также преграда для контактов с соседними странами. Так, к примеру, расстояние от Японии до Китая — 800 км, а до ближайшей соседней страны, Кореи, нужно плыть 200 км. Если бы Япония находилась еще дальше от этих азиатских государств, ее могли бы миновать такие достижения китайской цивилизации, как письменность, буддизм и конфуцианство, принесенные в Японию переселенцами с Корейского полуострова. Если бы она была ближе к могущественной Китайской империи, вероятно, не смогли бы развиться собственный уникальный язык и материальная культура.
Около 80% суши в Японии занимают горы, на удивление лесистые. В горах расположено множество вулканов, как спящих, так и действующих, поэтому в Японии в изобилии термальные источники и часты землетрясения: в год случается до 1000 толчков. Гора Фудзи — самая высокая гора Японии, 3776 метров над уровнем моря, — представляет собой вулкан, который последний раз извергался в XVIII веке. Особенно активным он был с VIII по XII век, и тогда его считали злым божеством, однако в наши дни Фудзи — важный живописный символ национальной идентичности. Не более четверти территории Японии считается пригодной для жизни, поэтому поселения компактно расположены вдоль берегов Тихого океана, Японского моря и Внутреннего моря, в долинах рек, на редких равнинах, особенно на равнине Канто на северо-восточном Хонсю, где находится Токио, и на равнине Кинай в Центральной Японии, где расположены города Киото, Нара и Осака. В настоящий момент более трех четвертей японцев живут в густонаселенных городах на этих территориях, тогда как сельские регионы населены гораздо меньше. До появления современной транспортной системы перемещение по горам было затруднено, вследствие чего диалекты, жизненный уклад, производимая продукция и животный мир весьма различаются по регионам.