Инок Афанасий был ближайшим другом и учеником преподобного Александра еще на Валааме. Там он воспринял и монашеский чин. Когда Афанасий узнал о том, куда переселился его наставник, Александр, тогда, оставив Валаамский монастырь, перешел к преподобному Александру.

Однажды ночью, когда преподобный совершал свое обычное правило перед образом Пречистой Богоматери, Афанасий находился в келье учителя. По окончании правила преподобный Александр присел отдохнуть и сказал ученику своему Афанасию: «Чадо, трезвися, бодрствуй, понеже хощет быти в сей час посещение чудно и ужасно». [1, с. 116] Затем преподобный вышел в сени своей кельи, где его осиял великий свет и увидел он Пречистую Богородицу над основанием Покровской церкви. Обратившись к преподобному и благословив его, Она стала невидима. Преподобный Александр, объятый страхом и ужасом, весь трепетал и, несколько успокоившись, нашел ученика своего Афанасия от страха лежащего на земле, подобно мертвецу. Когда преподобный поднял его, тот начал плакать и рыдать, и, припав к ногам преподобного, говорил: «Извести ми, отче, что сие бысть таковое чудное и страшное видение, яко и дух мой вмале неразлучился от плотскаго ми союза, от неизреченнаго онаго блистающаго света». [1, с. 118] Преподобный сильно радовался и трепетал от такого видения, а немного спустя послал Афанасия за своим духовным отцом Исаией.

После кончины преподобного Александра Афанасий с несколькими другими учениками ушел на север, в сторону города Олонца, где между озерами Сяндеба и Рощинским, по благословению новгородского архиепископа Пимена, поставил часовню в честь Пресвятой Троицы, да восемь келий и собралось к нему в пустынь десять братьев.

Клевета и нападки местных жителей вынудили его в одно время вернуться в Свирский монастырь. Здесь Афанасия избрали игуменом и он некоторое время настоятельствовал в Свято-Троицком Александро-Свирском монастыре.

В 1550 году, с благословения новгородского архиепископа Александра, он оставил Свирское игуменство и вернулся в пустынь, где уединенно поселился на Святом острове Сяндебского озера и желал поставить церковь во имя Живоначальной Троицы. Там он скончался глубоким старцем и был погребен на одном из мысов Рощинского озера.

Над его могилой был выстроен храм во имя святителей Афанасия и Кирилла Александрийских. В 1720 году, когда сгорел храм, святые мощи преподобного Афанасия были обретены нетленными, с шерстяными четками и разрешительной молитвой в руках.