Преподобный Геннадий был сыном богатых родителей. Но богатства не прельщали его. Достигнув совершеннолетия, он раздал все свое имение нищим и ушел на реку Свирь к преподобному Александру, который в то время жил один. Пожив у него в послушании некоторое время, он полюбил пустынножительство. Приняв постриг с именем Геннадия, он с благословения святого Александра ушел на Важеозеро, находящееся севернее Свирского монастыря. Устроив жилище, преподобный Геннадий подвизался там с двумя учениками. Он питался травой и кореньями, а спал на земле. Так изнуряя свое тело и смиряя душу, боролся он в пустыни с духами злобы и в борьбе этой остался победителем. Скончался преподобный Геннадий 8/21 января 1516 году.

Предвидя свою скорую кончину преподобный Геннадий призвал своих учеников, благословил их и предсказал о возникновении обители: «По моем отшествии ко Господу на этом месте будет построен храм и устроена киновия (общежительный тип монастыря) на спасение многих». Предсказание сбылось в точности спустя несколько лет после преставления святого, когда на Важеозере поселился преподобный Никифор и устроил общежительный монастырь.

Точное время канонизации преподобного Геннадия неизвестно. Вероятно, что она была совершена в Синодальный период нашей Церкви.

Святые мощи его почивали в пещерке под спудом недалеко от обители.