Постепенно к преподобному Александру в пустынь собралось множество людей, жаждавших монашеского подвижничества, но никакого официального статуса монашеская община не имела, не было в пустыни и своего храма. Несмотря на многочисленные явления, бывшие ему, преподобный медлил с устроением обители, не считая себя достойным быть основателем монастыря и руководителем братии. И лишь еще одно явление смогло убедить преподобного — это было явление Пресвятой Троицы.

Явление произошло во время очередного уединения преподобного Александра в отходной пустыни. Как и в прошлый раз его внезапно осиял нетварный свет, и преподобный увидел Трех Мужей, облаченных в светлые белые одежды, входящих в его хижину. Посетившие преподобного Мужи были видом благообразны и прекрасны и сияли светлее солнца, у каждого из Них в руке был посох. Поначалу это явление так изумило и напугало преподобного Александра, что он словно окаменел. Опомнившись, некоторое время спустя он упал на колени и поклонился Им до земли. Они же подняли Александра, взяв его за руку и сказав: «Уповай, блаженне, и не бойся». Преподобный обратился к Ним с таким вопросом: «Господие мои, аще обретох благодать пред Вами, поведайте мне, кто есте Вы, Иже в таковей сущу славе и светлости не преобидесте приити к рабу Вашему; ибо николиже видех кого в таковей славе, якоже Вас вижду». На это ему ответили: «Не бойся, мужу желания, яко благоволи Дух Святый жити в тебе чистоты ради сердца твоего, и якоже глаголах ти древле множицею, и ныне такожде глаголю, да созиждеши церковь и братию собереши и обитель устроиши, яко благоволих тобою многи души спасти и в разум истины привести». [1, с. 62–63]

Услышав эти слова, преподобный Александр вновь упал на колени и взмолился:

«Господи мой, кто есмь аз грешный, яко всех человек худший, да на толико дело доволен буду, о немже мне глаголал ести. Несмь бо достоин восприяти толикия службы; ибо аз недостойный не сего ради приидох на место сие, о немже мне повелеваеши, но плакатися грехов своих». Господь же, опять взяв его за руку, поднял его и сказал: «Стани на ногу твою, возмогай и укрепися, и сотвори все, еже повелех ти». Тогда преподобный спросил: «Господи мой, не прогневайся на мя, яко дерзнух пред Тобою глаголати: повеждь ми, како наречется имя церкви сей, юже хощет человеколюбие Твое на месте сем создати?» Господь сказал преподобному: «Возлюбленне, якоже видиши в Триех Лицах глаголюща с тобою, созижди церковь во имя Отца и Сына и Святаго Духа, Единосущныя Троицы». Затем Господь благословил преподобного Александра: «Аз же ти мир Мой оставляю, и мир Мой подам ти». [1, с. 63]

После этого явления преподобный Александр уже не сомневался в необходимости построения храма и устроения обители. Он начал выбирать место для строительства храма и многократно молился об этом Господу. И вот было ему еще одно явление — ему явился Ангел в монашеском одеянии и показал, на каком месте следует устроить храм. Преподобный сразу же отметил это место, установив там крест.

Разросшейся монашеской общине, по воле Божией преображавшейся в монастырь, требовался настоятель в священном сане, дабы было кому совершать богослужение. Все единодушно видели на этом месте преподобного, но он всячески тянул с рукоположением и поставлением на игуменство, ссылаясь на свое недостоинство. Тогда братия обратилась к Новгородскому архиепископу Серапиону с просьбой рукоположить преподобного Александра в священный сан и поставить его настоятелем новоустроенной Свирской обители. Архиепископ внял просьбе братии и уговорил преподобного Александра принять священство и настоятельство.

А вскоре в Свирской обители была построена первая деревянная церковь. Преподобный тотчас же послал в Новгород двух своих учеников, монахов Федора и Тихона, просить у архиерея необходимую богослужебную утварь и освящения храма. Но Новгородского архиепископа в то время не было в городе, так что храм во имя Святой Троицы освятил сопровождавший великого князя Ивана III епископ Коломенский Митрофан.