Нынешний Преображенский собор построен в 1641 году, при игумене Авраамии, а придел во имя преподобного Александра Свирского — в 1716 году. В 1856–1857 годах инженер Гортинг-Гортицкий заменил деревянные перекрытия металлическими. Тогда же под руководством архитектора Тухтарева были расширены некоторые дверные и оконные проемы. В 1873–1874 годах был вновь оформлен фасад. В 1900 году архимандритом Агафангелом была сделана пристройка к западной стороне собора с хорами для братии, отделанными деревянными точеными перилами. В 1903 и 1904 годах собор был расписан внутри живописными изображениями, отделан заново придел и также расписан. Особую нарядность придают собору соединенные с ним колокольня и Захарьевская церковь.