Каменная церковь Покрова Божией Матери была построена в 1533 году. Она является наиболее старинным храмом монастыря. Церковь с трапезной и звонницей выполнена в новгородском стиле.

По своей архитектуре церковь Покрова представляет собой безстолпный двухэтажный храм с одной главкой и высокой апсидой. Ее нижний этаж служил кладовой. Здесь же хранились некоторые святыни монастыря (ручные жернова преподобного Александра Свирского) и находилось место ночного отдыха преподобного. Сомкнутый свод на тромпах украшен «горкой» из трех рядов кокошников. С западной стороны к церкви примыкает одностолпная трапезная палата с хозяйственными пристройками.

Основу декора церкви и трапезной составляют карнизы и плоские лопатки, даже скорее пилястры, со скромным декором в виде небольших килевидных нишек. Пилястры и карнизы зрительно разбивают поверхность стен на четко выявленные плоскости по вертикали и по горизонтали. Фризы из таких же нишек размещены в верхней части апсиды и трапезной. Поверхность стен апсиды и трапезной палаты разделены карнизами на два яруса. В первом случае каждый ярус украшен «аркатурным» поясом. Большие полукруглые арки имеют килевидное завершение. Храмовое помещение и алтарь освещаются при помощи вытянутых оконных проемов с полукруглым завершением. Очень характерны глубокие обрамления окон. Показателен и декор трапезной. Плоскость стен на всю их высоту разбивают глубокие ниши, образованные плоскими пилястрами, соединенными профилированными арочками с килевидным верхом. В каждой нише одно над другим расположено по два окна с такими же обрамлениями, что и в церкви. Так же украшена и хозяйственная пристройка к трапезной. Подобное оформление и конструкция находят множество аналогов в вологодско-белозерской, новгородской и суздальской архитектуре этого периода.