Когда Царь Алексей Михайлович послал митрополита Никона за мощами святителя Филиппа в Соловецкий монастырь, то он дал ему грамоту, в которой слезно обращается к святителю Филиппу с просьбой прибыть и разрешить грех прадеда его Царя Ивана Васильевича. Романовы, как ближайшие родственники, как бы восполнили отсутствовавшее прямое потомство Иоанна Грозного, как бы влились в прежнюю Династию. При этом был соблюден порядок первородства: на Престол был призван сын первородного из ближайших родственников последнего наследственного Царя, а этот ближайший родственник, не могший сам занять Престол ввиду своего духовного сана, возглавил Русскую Церковь как Патриарх всея Руси, нося в то же время титул Великого Государя и являясь руководителем и соправителем сына. Патриарх и Великий Государь Филарет Никитич скончался в 1633 году, а Царь Михаил Феодорович продолжал единолично управлять Русью до своей смерти 12 июля 1645 года. Перед смертью он благословил на Царство единственного оставшегося в живых своего сына Алексея, который за два года перед этим по достижении четырнадцатилетнего возраста был торжественно «объявлен» Наследником Престола. Земский Собор, собравшийся в это время в Москве, лишь засвидетельствовал, что такое престолонаследие сообразно с прежними обычаями и согласно с правовоззрениями и духом народа. Царь Алексей Михайлович имел много детей, но Наследником Престола неизменно считался старший из сыновей — сын Димитрий, родившийся 22 октября 1649 года (с какого времени этот день стал праздноваться по всей России, а не только в Москве, как было с 1612 года по этот год), умер в 1651 году. После него Наследником был второй сын Царя — Царевич Алексей, родившийся в 1654 году, который в 1667 году был тоже торжественно «объявлен» — показан послам, чинам и народу как Наследник Престола. Царевич Алексей умер в 1670 году, немного раньше его умер следующий за ним его брат Симеон, и Царь Алексей Михайлович х сентября 1674 года, в день празднования Нового года, также торжественно объявил Наследником Престола своего четырнадцатилетнего четвертого сына, Феодора. По кончине Царя Алексея Михайловича, Царь Феодор Алексеевич вступил на Престол и, процарствовав восемь лет, скончался после непродолжительной болезни. Его единственный сын Илия умер малюткой еще при жизни отца. Из братьев Царя Феодора Алексеевича в живых в это время находились следующий за ними по старшинству Иоанн и младший брат, сын Царя Алексея от второго брака, Петр. Ни один из них не был формально объявлен Наследником Престола, так как, пока был Феодор, можно было ожидать, что у него родится еще сын, который и будет Наследником. Не было также и писаного закона о престолонаследии. По духу ставшего уже древним обычаем, неизменно соблюдавшимся в Московском Государстве, и в силу которого Престол наследовал старший сын Государя, Царем должен был быть теперь Иоанн, остававшийся старшим из сыновей Царя Алексея Михайловича, после смерти бездетного Царя Феодора. Однако Царевич Иоанн был больной, плохо видел и соображал. Он мог только носить Царский титул, управляли бы за него другие. Между тем Петр был живой, здоровый и многообещающий двенадцатилетний мальчик. После двух-трех лет опеки над ним он мог вступить сам в управление страной. Эти причины побудили Патриарха и высших сановников предложить решить избранием вопрос о Наследнике. На площади перед церквию Спаса были собраны «всех чинов люди Московского Государства», то есть те, кто проживали или временно находились в это время в Москве. Патриарх с архиереями и вельможами вышел на крыльцо и спросил у собравшихся: «Кому быть Царем?» Почти единогласный ответ был: «Петру Алексеевичу». Лишь немногие крикнули: «Иоанну Алексеевичу!» Патриарх вернулся во дворец и благословил на Царство Царевича Петра. Однако это избрание не внесло полного успокоения. Если прежде всех занимала мысль, кто должен быть Царем, теперь многим стало казаться, что сделано что-то не ладно, сделана какая-то несправедливость, какое-то правонарушение. Одни указывали, что неправильным было отдавать Престол младшему брату помимо старшего, другие — что был незаконен и самый способ избрания. Этим воспользовались стрельцы, среди которых было брожение ввиду недовольства ими своим начальством. Один из полков даже отказался целовать крест Царю Петру и с трудом удалось уговорить его это сделать. Брожение среди стрельцов, начавшееся при Царе Феодоре, продолжалось после воцарения Петра. Оно было направлено против стрелецких полковников, на притеснения которых они жаловались Государю.

Недовольные же тем, что Царем сделался Петр, а не Иоанн, решили взять стрелецкое движение в свои руки, направить его в выгодную для них сторону. Этими недовольными главным образом были родственники первой жены Царя Алексея Михайловича, Милославские, знавшие, что при Петре они не будут пользоваться тем влиянием, какое бы имели в случае воцарения больного Иоанна. Душой этой партии сделалась умная и энергичная дочь Алексея Михайловича от первого брака — Царевна София, не хотевшая примириться с мыслью, что ей придется подчиниться мачехе, которая будет правительницей государства — против этого древнего обычая никто не спорил — до совершеннолетия сына. Софии хотелось, чтобы Царем был объявлен Иоанн, а она бы могла тогда быть правительницей при больном брате. Мачеха со своими родственниками потеряли бы тогда при дворе первенствующее положение. Для приведения в исполнение этого плана и воспользовались стрельцами. Приверженцы Софии и Милославских начали возбуждать стрельцов против Нарышкиных и других бояр и обещать им всяких милостей от Царевны Софии. Но довести стрельцов до открытого мятежа было трудно и поэтому прибегли к обману. 15 мая, в день убиения святого Царевича Димитрия, по стрелецким полкам проскакало двое бояр-заговорщиков с криком, что Нарышкины задушили Царевича Иоанна. Эта весть казалась правдоподобной. Раз была допущена несправедливость, Царевич Иоанн был лишен принадлежавшего ему по правовоззрению русского народа и обычаю Московского Царского Дома Престола, то это являлось уже показателем того, что есть люди, которые действуют против него, законного Наследника Царя Феодора. Не опасаются ли эти люди, что право восторжествует и они получат должное возмездие, и не считают ли они более спокойным для себя совсем отделаться от того, кто является живым напоминанием о совершенном правонарушении? Подобные мысли находили себе подтверждение в распускаемых сторонниками Милославских слухах, что Нарышкины сами хотят завладеть Престолом, и что один из них, Афанасий, даже примеривал Царский венец. Поэтому, когда стрельцы услыхали про смерть Царевича Иоанна, то со знаменами и пушками двинулись в Кремль выводить царских изменников. Когда они подошли ко дворцу, Царица Наталия Кирилловна вышла на крыльцо со Иоанном и Петром Алексеевичами. Увидев это, стрельцы опешили. Подставив лестницу, они спешили убедиться, что это в самом деле Царевич Иоанн. «Сам ли это ты, Государь-Царевич? — спрашивали они его, — какие изменники тебя изводят?» Услыхав из уст Царевича, что это он сам, стрельцы заколебались. Еще мгновение — и, окончательно убедившись, что больному Царевичу не угрожает никакая опасность, они бы ушли обратно. Но, на несчастье, в дело вдруг вмешался нелюбимый начальник стрельцов князь Михайло Долгорукий. Он начал кричать на стрельцов, как осмелились они нарушить порядок. Только что утихший гнев стрельцов воспламенился опять и обрушился на Долгорукого; несколько человек вдруг бросило нелюбимого начальника на стрелецкие копья, и он был немедленно зарублен. Этим моментом воспользовались и заговорщики, некоторые, выбежав из внутри дворца, кинули на копья стрельцов приближенного Царицы Наталии Кирилловны и ее родственника боярина Матвеева. Это было как бы сигналом. Первая кровь как бы одурманила головы стрельцов, и они кинулись разыскивать «царских изменников», а также своих нелюбимых начальников, крича, что если цареубийство еще не совершено, так будет совершено. Особенно разыскивали они брата вдовствующей Царицы Ивана Нарышкина, который якобы примерял Царский венец. Списки изменников, которых нужно было истребить, были заранее розданы приверженцами Милославских. Минутами совесть и рассудок брали верх у выводителей измены. Они отправлялись к родителям убитых и просили прощения, уверяя, что лукавый попутал. Но безумие вскоре опять овладевало ими, и какое-нибудь неосторожное слово делало жертвой того, перед кем они только что извинялись. Наконец, все, кого они считали изменниками, были истреблены, и они начали приходить в себя. Чтобы оправдать себя в произведенных убийствах, они подали челобитную, в которой перечислили всех убитых ими с указанием, за что именно был кто убит: за измену или за притеснение стрельцов, просили, чтобы на Красной площади был поставлен столп с именами «преступников» и указанием их вины, а стрельцам были выданы жалованные грамоты и запрещено было их называть бунтовщиками и изменниками. Кроме того, они просили о ссылке некоторых лиц, «причастных к измене», и о выдаче стрельцам жалованья. Все просьбы разнуздавшихся стрельцов безпрекословно исполнялись растерявшимся правительством. 23 мая во дворец было донесено, что стрельцы хотят, чтобы Царями были оба брата, Иоанн и Петр Алексеевичи. Созванный немедленно Собор, состоявший из архиереев и выборных всех чинов, находившихся в Москве, решил, что Царями должны быть оба брата. 26 мая, по просьбе тех же стрельцов, боярская дума с архиереями решила, что Иоанн должен быть первым Царем, а Петр — вторым. Еще через три дня, 29 мая, таким же образом было объявлено, что, по молодости обоих Государей, правительство вручается их сестре Царевне Софии, которая теперь выдвигалась на первый план, так как вдовствующая Царица Наталия Кирилловна приходилась «первому Царю» Иоанну только мачехою. Собственно, после воцарения Иоанна Алексеевича стрельцы должны были считать свою задачу — истребление царских недругов и восстановление Царского престижа, нарушенного якобы царедворцами, оконченной.