Взаимная борьба между русскими истощала и без того разоренную Россию. Среди обеих разделенных враждою частей ее, как всегда бывает в подобных случаях, стали возникать неудовольствия на своих государей, тем более что не было всеобщей твердой уверенности в законности каждого из них. Сначала начались волнения среди подданных Шуйского. 17 февраля 1609 года была первая попытка свергнуть его. Говорили, что он несчастлив, что из-за него кровь льется. Заговорщики стали кричать в толпе, собравшейся около Лобного места, что Василий избран незаконно одной лишь Москвой, а не всей Землей. Патриарх Ермоген, всячески старавшийся защитить Царя, возразил, что до сих пор ни один город Москве не указывал, а Москва всем указывала. На этот раз попытка свергнуть Царя не удалась. Однако положение Шуйского становилось все труднее. Польский король, воспользовавшись смутами в России, вторгся в ее пределы и, ссылаясь на родство свое с Московскими Царями, выставил кандидатом на престол своего сына Владислава. Племяннику Царя Михаилу Скопин-Шуйскому удалось при помощи шведского отряда и восставших против самозванца северных областей разбить тушинское войско, и Лжедимитрий бежал в Калугу.

Москвичи встретили с восторгом Скопин-Шуйского, сделавшегося народным героем, и надеялись, что он поведет теперь войска на польского короля, осаждавшего Смоленск. Но Михаил Скопин-Шуйский скончался на пиру у царского брата Димитрия, и народная молва приписала это отраве. Войско, посланное под начальством этого же Димитрия против поляков, было разбито, а шведы, перестав помогать Царю Василию, заняли Новгород. Поправились отчасти и дела самозванца. После его бегства из Тушина часть не последовавших за ним приверженцев отправила посольство к польскому королю Сигизмунду для переговоров о воцарении в России Владислава. Переехавшие в Москву тушинцы поддерживали эту мысль и среди москвичей. Неудачи в борьбе с поляками и «вором» усилили движение против Шуйского. В это время из лагеря самозванца пришло предложение: бросить взаимную борьбу и, свергнув обоих Царей, избрать одного, общего. Некоторые ухватились за это предложение. 17 июля 1610 года несколько человек с Захарием Ляпуновым во главе явились к Царю Василию и предложили ему оставить Царство. Шуйский переехал в свой прежний дом. Через два дня, 19 июля, его насильно постригли в монахи. Так как он не пожелал произносить монашеских обетов, их произносил один из заговорщиков.

Свергнув Шуйского, обратились в стан самозванца за выполнением условия, но услышали ответ: «Вы своего Царя свергли, а мы за нашего Государя помереть готовы». Патриарх Ермоген вопиял против беззаконного свержения венчанного на Царство Василия Шуйского, не признавал его пострижения и продолжал молиться как за Царя, а постриженным считал того, кто произносил обеты. Но его не слушали. Во главе государства стала временно боярская Дума. Гетман Жолкевский, начальствовавший над польским войском, подступил к Москве и потребовал признания Царем Владислава. Бояре, предпочитая польского королевича «вору», начали свыкаться с мыслью, что единственным выходом является соглашение с поляками. Не все, однако, были согласны с этим. Раздавались голоса, что нужен Русский Царь, и указывались бояре — князь Василий Васильевич Голицын и четырнадцатилетний Михаил Феодорович Романов. Патриарх всячески старался убедить в опасности избрания иноверного Царя. Тем не менее, переговоры об избрании королевича Владислава начались. Патриарх согласился благословить это под единственным и непременным условием — крещения в Православную веру королевича.

Это было внесено в предварительный договор, заключенный боярами и гетманом Жолкевским, и в конце августа Москва, а за ней и другие города, присягнули королевичу Владиславу. Однако избрание Москвой польского королевича усилило на Руси движение в пользу самозванца, так как там была хоть надежда, что это Православный Царевич, а в принятие Владиславом Православия мало верили. Польские войска отогнали самозванца от Москвы, и гетман начал настаивать на скорейшей отправке посольства к королю Сигизмунду. Большое посольство, возглавляемое князем Голицыным и митрополитом Филаретом Романовым, было отправлено под Смоленск просить короля дать сына на Русское Царство. Условия сводились к немедленному принятию Владиславом Православия, охранению им Православной веры и русской народности, для чего, между прочим, он должен и жениться на православной, и сохранению целости Русского Государства, что должно немедленно выразиться в отступлении короля от Смоленска. Однако выяснилось, что король не только не намерен признать эти условия, но и думает сам быть Русским Государем. Осада Смоленска продолжалась, а послы оказались в положении пленных. Переговоры без всяких успехов продолжались несколько месяцев. Между тем, стоявший под Москвой польский отряд вошел в самую Москву, как бы для защиты от самозванца и поддержания порядка с согласия бояр. Однако произошло то, что предвидел св. Патриарх Ермоген, которому сторонники поляков говорили, что его дело смотреть за Церковью и не вмешиваться в государственные дела.

Поляки стали вести себя, как настоящие хозяева, совершенно не считаясь с русскими властями и чувствами русских людей. Бывший Царь князь Василий Шуйский по их требованию был сначала выслан из Москвы, а потом вместе с братьями увезен поляками в качестве пленника в Польшу, где и скончался в 1612 году. Такое поведение поляков возмущало население, и целые области стали переходить на сторону «вора», видя в нем опору против иноземцев. Ему подчинились такие крупные центры, как Казань и Вятка. В декабре 1610 года «вор», в котором уже лишь немногие продолжали видеть настоящего Димитрия, был убит одним из приближенных. Родившегося после его смерти от Марины сына Ивана только самые ревностные приверженцы признали за Царевича. Разделение Руси на две части, существовавшее со времени воцарения Шуйского, таким образом, уничтожилось, и города стали переписываться между собою об изгнании общими усилиями врагов. К этому призывал своими грамотами и св. Патриарх Ермоген, который, в понятии русских людей, в это безгосударственное время возглавлял государство, являясь как бы блюстителем пустующего Царского Престола и стражем благосостояния и целости Руси. Напрасны были попытки поляков заставить плененное ими русское посольство признать тот или другой акт, исходящий из Москвы, если на нем не было подписи Патриарха. Напрасны были и усилия их русских приспешников в Москве ограничить влияние Патриарха на дела государственные или заставить его замолчать. Первоначально движение русских городов не было направлено против королевича Владислава. Русские собирались общими усилиями изгнать из своей земли иноверцев и иностранцев, соглашаясь признать Царем Владислава в случае его крещения в Православную веру. Однако когда выяснилось, что король не думает дать сына на Православное Московское Царство, Патриарх разрешил русских людей от присяги Владиславу. Патриарх Ермоген, уже посаженый под стражу, призывал, несмотря на угрозы поляков и их приспешников, Божие благословение на русскую рать под начальством Прокопия Ляпунова двигавшуюся к Москве, занятой врагами, и, наконец, начавшую ее осаду.

Несогласия между русскими и споры из-за первенства разрушили, однако, это ополчение. Прокопий Ляпунов был убит, а ополчение распалось. Св. Патриарх Ермоген скончался от голода и нужды 17 февраля 1612 года в подземелье Чудова монастыря, но его дело продолжили любимый им архимандрит Троице-Сергиева монастыря св. преподобный Дионисий с келарем Авраамием Палицыным. Они всюду рассылали грамоты, призывая русский народ встать на защиту Православной веры и московских святынь. Эти грамоты всколыхнули русские сердца. По почину нижегородского гражданина Минина-Сухорука стало собираться второе русское земское ополчение «на защиту Дома Пресвятой Богородицы и Московских чудотворцев». Движение скоро охватило почти всю Русскую Землю. Под начальством князя Пожарского земское ополчение, при котором было создано и временное Управление Земли, осадило Москву и 22 октября 1612 года русская столица была освобождена от неприятеля.