Тогда Штауффенберг был уже, несомненно, уверен в том, что нацизм — это что-то отвратительное. Но он был еще далек от понимания его неслыханной природы, не представлял геноцида, который еще назывался «шоа» (или «холокост»). В «Майн Кампф» ни слова не было сказано о физическом уничтожении евреев. Нюрнбергские законы «ограничились» тем, что ввели суровую политику сегрегации. Как четко определил Филипп Бюррен в своей работе «Гитлер и евреи, генезис одного геноцида», идея физического уничтожения, вероятно, появилась еще в самом зарождении движения. Но пришлось ждать до 31 июля года, чтобы Геринг отдал Гейдриху распоряжение разработать план «окончательного решения еврейского вопроса» и чтобы на конференции в Ванзее 20 января года был составлен протокол «окончательного урегулирования еврейского вопроса во всей Европе». Протокол держался в строжайшей тайне, в штаб вермахта он не поступал. Вначале Гитлер рассматривал другие решения, как, например, создание еврейского государства на Мадагаскаре или организацию «резервации» евреев близ польского города Люблин. И только весной 1942 года концентрационные лагеря начали постепенно превращаться в лагеря смерти. Смертоносный газ «Циклон Б» начал появляться в Белжеце, Треблинке, Майданеке, Собиборе и, конечно, в Аушвице.

О размахе этой операции Клаус узнал весной 1942 года. В ходе разговора с майором фон Пецольдом, кабинет которого находился рядом со штабом армии в Виннице на Украине, он говорил с яростью в голосе о бесчеловечном обращении с гражданским населением, о планомерном уничтожении советских военнопленных — из 5,7 миллиона человек более 2 миллионов уже были убиты, — а главное, об «ужасах массовых убийств по расовому признаку». Слухи о преступной деятельности зондеркоманд в тылу сражавшихся войск дошли и до него. В мае капитан фон Герварт поведал ему об ужасающей сцене, свидетелем которой он стал на Украине: еврейское население выстраивали у стен и расстреливали, уничтожались целые деревни «восточных евреев», женщин и детей заставляли рыть ямы, куда затем их, убитых, сбрасывали. О фургонах, переоборудованных в подвижные газовые камеры. Фридрих Дитлоф фон Шуленбург рассказал ему о печах, где сжигались сотни людей. Один из руководителей «ИГ Фарбен» Джеймс фон Мольтке открыл ему глаза на то, что происходило в Аушвице. Из отчетов о промышленном производстве он знал, что фирма использует на производстве труд заключенных. Главное, он знал об ужасном отборе заключенных, осуществлявшемся частями СС «Мертвая голова» за воротами, на которых была жестокая надпись «Труд делает свободным».

Штауффенберга это потрясло. Все лето 1942 года он был в отчаянии. И открыл причину своего состояния начальнику организационного управления полковнику Штиффу. Тот намеками поддержал его. Он сказал одному из своих бывших сослуживцев по 17-му Бамбергскому полку майору фон Тюнгену: «Гитлер безумец и преступник. Но что поделать […], прошлого не воротишь», колесо истории продолжает крутиться, «надо будет придумать что-то новое». В то же самое время в ходе продолжительных конных прогулок бок о бок с майором Бергером, сменившим в организационном управлении Мерца фон Квирнхайма, он открыл душу: «Массовое уничтожение евреев ужасно. С этим надо кончать». Несколько слов, которыми он перекинулся со своим заместителем, капитаном Кюхном, подводят итог всему этому: «Ежедневные доклады штаба об отношении немецкой администрации к местному населению, отсутствие политических планов относительно захваченных стран, судьба евреев показывают, что заверения Гитлера о том, что война будет вестись для переустройства Европы, оказались лживыми. При таких обстоятельствах эта война абсолютно бесчеловечна». Это были самые главные мысли. Они доказывают, что ухудшение обстановки на фронте было далеко не единственным, что волновало Клауса. Его решение начать борьбу против фюрера основывалось не просто на военных соображениях, решающую роль тут сыграла и преступная политика Третьего рейха.

Это понимание пришло к нему довольно поздно. Однако знание реальных жестокостей режима, предпринятых узким кругом руководителей партии и СС, пришло к нему лишь весной 1942 года. Некоторые фронтовые офицеры слышали разговоры о зверствах СС уже с лета 1941 года. Август фон Кагенек в своей работе «Экзамен совести» сообщил о массовом убийстве 20 000 евреев в Тарнополе. Но это были только слухи, их на фронте ходило бесчисленное множество. В случае Каганека эту немыслимую картину увидел какой-то капрал. Служивший в штабе группы армий «Центр» Хеннинг фон Тресков знал об этих зверствах уже с ноября 1941 года. Двое его начальников, Карл Ганс фон Гарденберг и Хайнрих фон Леендорф, случайно пролетели на малой высоте над лагерем смерти литовских евреев под Борисовым. Но все это были лишь отрывочные сведения, их можно было отнести на счет неконтролируемых подразделений СС. «Дневник войны» Эрнста Юнгера явился одним из самых красноречивых свидетельств по этому спорному вопросу. Он был написан в огне боев, и автора никак нельзя заподозрить в заказной писанине. Служивший в штабе в Париже, известный писатель Эрнст Юнгер всегда был хорошо обо всем осведомлен. Однако лишь 21 апреля 1943 года он написал: «В полдень зашел полковник Шаер. Мы обсудили обстановку […]. Из всего им рассказанного самым страшным было описание расстрела евреев. Подробности он узнал от полковника Типпельскирха, полагаю, что армия послала того туда, чтобы посмотреть, что там делалось […]. Впрочем, кажется, что расстрелов больше не будет, потому что теперь перешли на убийства с помощью газа». Юнгер не поверил в это. 24 апреля он вновь вернулся к этому вопросу: «Утром состоялся разговор с полковником Шаером. Я переспросил у него, правильно ли я все понял и видел ли Типпельскирх лично ту ужасную бойню, о которой он мне так подробно рассказал. Он все это подтвердил. Бывают моменты, когда эти истории кажутся мне кошмаром, каким-то дьявольским сном. Однако полезно взглянуть на симптомы патологии глазами медика, отводить глаза не стоит. Обыватель прячется в свою раковину, чтобы не видеть этого».

Штауффенберг не был простым обывателем. Он увидел, как другие, узнал одновременно с другими, но, в отличие от них, он решил действовать.