Как это ни странно, но «благочестивейший» польский король-католик Владислав Ягайло заключил с многократно проклятыми римскими папами еретиками-гуситами союз и пропустил через свои земли их отряды, в июле 1430 г. огнем и мечом опустошившие, при поддержке польских войск, орденские владения Неймарк (Новую Марку) и Помереллию, взяв штурмом города Фридеберг, Вольденберг, Ландсберг, Сольдин, Кониц, Тухель, Диршау. Взбунтовавшиеся подданные Тевтонского ордена из «Союза городов» и «Прусского союза» также не гнушались нанимать на службу еретиков-гуситов.
Хронический денежный голод не позволял Верховному магистру Тевтонского ордена не только навербовать необходимое число наемников, но и выплатить жалованье тем шести тысячам наемных воинов, которые доверились его честному рыцарскому слову и теперь во весь голос требовали причитавшихся им денег.
Приведенный в отчаяние их все более настоятельными требованиями, Гохмейстер брат Пауль фон Русдорф столкнулся с отказом многих городов и замков, формально сохранивших ему верность, выставить отряды ополченцев и предоставить средства, необходимые для продолжения войны. Данцигские «отцы города» согласились вывести в поле ополчение лишь в том случае, если его возглавит сам Гохмейстер. Между тем, гуситы и поляки не заставили себя долго ждать и осадили Данциг. Город им, однако, взять не удалось. Спалив дотла Оливский монастырь, они опустошили орденские владения огнем и мечом до самого устья Вислы и вышли на берег Балтийского моря. Там главарь гуситов Чапко поздравил своих ратников с тем, что привел их, наконец, «на край земли». В память об этом знаменательном событии более двухсот знатных поляков и чехов были прямо под открытым небом посвящены на Балтийском побережье в рыцари.
Мало того – в рыцари был посвящен и сам предводитель еретиков, отлученный папой римским от Церкви гусит Чапко! После чего гуситы, испустив победный клич, наполнили свои походные фляжки водой из Балтийского моря, чтобы доставить домой сей зримый знак победоносного завершения своего Великого похода. Все это весьма напоминает историю о Чингисхане и Батые, тоже мечтавших привести свои орды к «последнему морю». Несколько странным выглядит лишь не в меру активное участие «христианского рыцарства» польского короля-католика, верного сына римской Церкви, и недавно «окрещенной» Литвы в «Великом походе» отлученных от Церкви гуситов, чьи ересиархи Ян Гус и Иероним Пражский были осуждены и сожжены по постановлению Констанцского собора римско-католической Церкви (соответственно, в 1415 и в 1416 г.).
В результате долгой, изнурительной и кровопролитной гражданской войны, прусское государство Тевтонского ордена было разделено, его западная часть со столичным городом Мариенбургом попала под власть Польши, Верховный магистр перебрался в Кенигсберг. Насколько мало тогдашние войны между польско-литовской феодальной коалицией и Немецким орденом походили на межнациональные конфликты Нового времени, явствует из следующего обстоятельства. Одно из главных условий, поставленных поляками перед «тевтонами» при заключении Второго Торнского (Торуньского) мира в 1466 г., заключалось в предоставлении польским магнатам (крупным феодалам-вельможам) и шляхте (мелкому дворянству) права вступать в Тевтонский орден Пресвятой Девы Марии – права, которого они давно упорно добивались!
Вскоре после переноса резиденции Гохмейстера «тевтонов» в город Кенигсберг произошла упоминавшаяся выше секуляризации прусских владений Немецкого ордена последним Верховным магистром Альбрехтом Бранденбург-Ансбахским в 1525 г. В то время во всей Пруссии насчитывалось всего-навсего пятьдесят пять «братьев-рыцарей» Тевтонского ордена. Большинство из них поддержало изменнический акт Альбрехта Гогенцоллерна, приняло лютеранскую веру, вышло из состава ордена и вступило в брак по протестантскому обряду. В результате секуляризации и уклонения бывшего Гохмейстера Альбрехта Бранденбург-Ансбахского в лютеранскую ересь пост руководителя ордена Пресвятой Девы Марии оказался вакантным. Руководство взял на себя «Дейчмейстер», или «магистр Германии» («Магистр Тевтонии») брат Вальтер фон Кронберг. Он перенес резиденцию ордена в город Мергентгейм (Мергентхайм) и принял титул «Администратора (исполняющего обязанности) должности Верховного магистра в Пруссии и Магистра в германских и романских землях», а позднее – титул «Гохунд-Дейчмейстер» (Верховный и Германский магистр).
XVI в. принес ордену Пресвятой Девы Марии новые ощутимые потери. Кроме утраты орденских земель в Пруссии, «тевтонам» пришлось уйти и из многих других провинций. В Богемии (Чехии) владения Тевтонского ордена были по большей части опустошены еще в ходе гуситских войн XV в. и большинство членов ордена перебито (как и большинство членов ордена иоаннитов). Орденские владения «тевтонов» в Греции были завоеваны турками. В результате Тевтонский орден смог сохранить только свои владения на территории «Священной Римской империи германской нации». В эпоху Реформации многие орденские владения попали под власть князей-протестантов. Некоторые рыцари и даже магистры ордена Пресвятой Девы Марии приняли новую веру, вскоре появилось уже немало членов ордена лютеранского и даже кальвинистского вероисповедания.
Принцип Аугсбургского вероисповедания «Чья власть, того и вера» не пощадил и Тевтонский орден. Однако вследствие сохранившегося высокого авторитета ордена как института, многие переменившие веру «братья-рыцари» и «братья-священники» пожелали остаться членами ордена Приснодевы Марии, не рассматривали свою новую веру как препятствие к этому. Сложилась уникальная в своей парадоксальности ситуация, когда под руководством католического Верховного и Германского магистра продолжали нести служение «братья-рыцари» и «братья-священники» (число «братьев-сариантов» к описываемому времени резко сократилось и сошло почти на нет) трех различных вероисповеданий (римско-католического, евангельски-лютеранского и кальвинистско-реформатского), одни из которых хранили, а другие, напротив, нарушали обет целомудрия, то есть безбрачия (сходные процессы происходили, кстати, и в среде рыцарей другого – иоаннитского – ордена на территории «Священной Римской империи»). В германских землях Саксонии, Тюрингии и Гессене члены Тевтонского ордена поголовно перешли в лютеранство, и, тем не менее, некоторые тамошние комтурии по-прежнему возглавлялись комтурами-католиками, по-прежнему назначаемыми Верховным магистром. Эта фаза в истории Тевтонского ордена вошла в его анналы как эпоха «троеверия» или «триконфессионализма»).