Все расположенные на берегу рек и других водоемов орденские замки имели речные корабли различных типов. В 1404 г. тевтонский замок Христбург имел двадцать три речных корабля, Эльбинг – более девятнадцати, Мемель (Клайпеда) – более двенадцати, прусская столица Тевтонского ордена Мариенбург-на-Ногате – более восьми. В большинстве своем эти суда были плоскодонными, но некоторые имели киль.
Удобными для боевого применения кораблями были «когти» («кокки», «коги», «коггены», «гатты», «бусы», «нефы», «кочи»), имевшие на корме уже упоминавшиеся выше «ахтеркастели» – надстройки в форме небольших крепостей, использовавшиеся в качестве боевых платформ. К концу XIII в. «когги» получили еще одну боевую надстройку, расположенную в передней части корабля и называвшуюся «форкастелем».
Варианты кораблей с меньшей осадкой очень часто применялись в устье рек, впадавших в Балтийское море. «Когги» доставляли отряды крестоносцев по Балтийскому морю в Ригу, где «вооруженные паломники» пересаживались на речные суда, перевозившие их в глубь Ливонии, где важнейшей водной транспортной артерией была река Дина (Дюна, Западная Двина, Даугава).
Для перевозки грузов использовалось судно под названием «гольк» (нем.: Hoik) – прямой предшественник «когга», с более плоским дном и более низкими боевыми надстройками на носу и корме. Хронисты ордена Пресвятой Девы Марии упоминают в числе орденских кораблей также гребные «прамы», приводившиеся в движение семнадцатью, пятнадцатью, четырнадцатью или двенадцатью гребцами, именовавшимися «подмастерьями» (нем.: «гезеллен», Gesellen), и «нассуты» – небольшие плоскодонные суда с шестнадцатью или восемнадцатью гребцами, имевшие также мачту с четырехугольным парусом. Русские именовали «нассуты» по-своему – «насадами». В русских летописях чато упоминаются нападения ливонских «тевтонов», передвигавшихся по реке в «насадах» (в частности, на Псков).
При помощи канатов можно было, идя по берегу реки, волочь «прамы» и «нассуты» вверх по течению. В составе орденского флота числились также «рейсеканы» («рейзеканы») – буквально: «рейсовые (походные) лодки», имевшие высокие борта, округлые формы и напоминавшие тогдашние морские корабли. Орден Приснодевы Марии использовал «рейсеканы» (чаще всего имевшие на борту по двадцать человек) для военных экспедиций (как мы уже знаем, такие вооруженные экспедиции именовались «рейсами» или «рейзами», а их участники – «рейзигами»; последнее слово в дальнейшем стало обозначать всякого тяжеловооруженного, преимущественно конного, воина вообще). Малые лодки, которые обычно изготавливались прямо в походе и могли перевозиться на телегах, как правило, были рассчитаны на шестерых человек каждая. Некоторые из орденских кораблей, ходивших по Висле, были оборудованы в качестве плавучей военно-полевой пекарни (нем.: «бакшифф» или «багшифф»).
При строительстве тевтонского замка Христмемель на берегу реки Мемель выше замка Рагниты при Верховном магистре «тевтонов» брате Конраде Трирском (фон Трире) в 1313 г. воины ордена Пресвятой Девы Марии построили через довольно широкую в этом месте реку понтонный мост из кораблей.
Снабжение строителей замка провиантом и строительными материалами осуществлялось морским путем. На море бушевали штормы, вследствие чего погибло много кораблей, а также четыре «брата-рыцаря» и четыреста «кнехтов» и слуг. В ходе неудачного штурма литовской крепости Бизены летом 1313 г. через реку Мемель был построен понтонный мост из орденских кораблей, по которому прибывшее по реке орденское войско подвозило к замку осадные машины.
Впоследствии тевтонский комтур (командор) Par (а) ниты (Рагнеты) распорядился построить, наряду с большим числом обычных речных судов, специальный военный корабль с надстройками в виде крепостных стен и башен, при помощи которого намеревался взять литовский замок Юнигеду. Однако литовским язычникам удалось, при помощи многочисленных судов, окружить этот большой корабль ордена на реке Мемель и уничтожить его.
Согласно орденской «Хронике земли Прусской» брата Петра из Дусбурга, литовцы в 1315 г. осадили тевтонский замок Христмемель, и орден Девы Марии перебросил на помощь осажденному гарнизону на кораблях шеститысячное войско. Замок удалось деблокировать, литовцы сняли осаду и ушли восвояси.
Во второй половине XIV в. Тевтонский орден, при помощи выписанных из Голландии за большие деньги мастеров, построил на реке Мемель шлюзы, обеспечив свободное судоходство от Лабиау (на литовской границе) до центра орденских владений в Пруссии и далее – до городов Мариенбурга и Данцига.
Когда в 1403 г. датские войска захватили остров Готланд, Тевтонский орден направил туда корабли с небольшим войском на борту, установившие морскую блокаду Готланда и уничтожившие датский флот в морском сражении при Кальмаре.
Расположенные вдоль речных путей на орденской территории города были обязаны, наряду с пешим и конным ополчением, предоставлять в распоряжение Тевтонского ордена также лодки, корабли и матросов, а расположенные вдоль речных путей деревни – гребцов. В «Военной книге» города Эльбинга за 1383-1409 гг. в этой связи упоминаются: в 1387 г. – два корабля с тридцатью одним матросом и пятнадцатью гребцами в 1397 г. – три корабля и пятьдесят матросов.
Во время морской экспедиции Тевтонского ордена на остров Готланд, о которой подробнее будет рассказано ниже, несколько комтурств предоставили гребные команды по двадцать гребцов на корабль. Каждый из этих гребцов был оснащен заступом, топором, гребным веслом и вооружен копьем. Гребцы должны были явиться безоружными, однако каждый должен был иметь лопату. Многие «нассуты» имели гребные команды, состоявшие из восемнадцати гребцов (пруссов и немцев) каждая, во главе с кормчим (рулевым). Наряду с капитаном корабля («шиффером»), требовались также рулевые («штюрманы», «стюрманы») и «маты» (старшие матросы), наймом которых орденский комтур нередко занимался лично.
В отличие от гребцов, орденские матросы были вооружены. Они именовались «детьми корабля» (нем.: «шиффскиндер», Schiffskinder), получали большое жалованье и хорошее питание и питье дважды в день. Особенно широкую известность снискали себе данцигские «дети кораблей», виртуозно владевшие боевыми топорами и сыгравшие важную роль в обороне столицы Тевтонского ордена – города-крепости Мариенбургана-Ногате – от польско-литовского войска после сокрушительного поражения армии «тевтонов» при Танненберге (Грюнвальде) в 1410 г. Кроме «абордажных» топоров, пик, арбалетов и луков со стрелами, орденские матросы были вооружены упоминавшимися выше «дюссаками» (дюсаками, дуссаками, дузегами), весьма популярными среди чехов (в том числе и чешских наемных воинов, служивших Тевтонскому ордену). Дюссака (это слово, как мы уже знаем, происходит от славянского слова «тесак») представляла собой разновидность сабли с коротким и широким клинком, хвостовик которой загибался к лезвию, образуя рукоять в форме петли.
Служившие на борту торговых морских «коггов» («коггенов») Тевтонского ордена вооруженные матросы (нем.: «веппнеры», Waeppner) получали бесплатное питание и 12 скотов жалованья в неделю. В 1404 г. матрос речного корабля «тевтонов» получал в день, кроме двухразового питания и питья, 0,66 скотов. В 1411 г. жалованье военного матроса орденского флота составляло 1,2 скота в день.