Сын сборщика податей, выбившегося в дворянство, Флери получил образование в Наваррском коллеже в Париже. По завершении учебы он был рукоположен в духовный сан и в 1668 году стал каноником кафедрального собора в Монпелье. Амбициозный, наделенный большими способностями Флери постоянно совершенствовал свои познания в области теологии и философии. В 1671 году он защитил диссертацию и продолжил теологические исследования в Сорбонне, а в 1675 году стал духовником королевы Марии-Терезии. Вследствие придворных интриг он вынужден был покинуть Париж и вернуться в Монпелье. Затем получил в управление небольшое епископство в Провансе. Накануне смерти Людовика XIV епископ Фрежюса вновь появился в столице и был назначен воспитателем малолетнего дофина. В 1717 году Флери избирают во Французскую академию, в 1721-м — в Академию наук, а в 1725 году — в Академию надписей и изящной словесности. Он пользовался полным доверием регента и приобрел большое влияние на короля-подростка.
