Гипатия была дочерью Тиона, последнего директора Великой Александрийской библиотеки (основанной греческим полководцем Александра Великого Птолемеем).

Гипатия родилась в 370 г. и быстро научилась от отца азам математики, философии и астрономии.

Продолжая образование в Афинах, она толковала тексты самых видных философов эпохи: Диофанта, Аполлония Пергского. Впервые она прославилась защитой на публичных дебатах самых передовых философских положений. Вернувшись в Египет, она рассказывает на открытых собраниях в Александрии о философии Платона и Аристотеля, а также обучает азам астрономии всех желающих – бедных и богатых, интеллектуалов и неграмотных.

Один из учеников Гипатии, Синезий Киренский, описывает ее как незамужнюю красавицу. По его свидетельству, она обладала необыкновенной способностью мастерить и могла изготовлять такие устройства, как гидрометры и астролябии.

Историк Сократ Схоластик рассказывает, что она «достигла такой степени культуры, что превзошла мужчин и делилась своими знаниями с любым желающим».

Но император Константин переходит в христианство, и эта прежде еретическая религия становится государственной.

В 412 г. предводитель христианской милиции Кирилл (сеющий под предлогом проповеди Священного Писания ужас среди приверженцев других верований) назначается епископом Александрийским. Отныне у него развязаны руки, он может расправляться с горожанами, не опасаясь вмешательства представителей императора, в частности префекта Ореста.

Как пишет Иоанн Дамаскин, в марте 415 г. Кирилл случайно видит толпу, спешащую на лекцию Гипатии по астрономии. Популярность этой ученой язычницы, уже в те времена защищавшей идею гелиоцентризма, по которой Земля не находится в центре Вселенной, а вращается вокруг Солнца, вызвала у епископа удивление, а потом и зависть.

Сократ Схоластик так повествует о произошедшем: «По приказу епископа Кирилла группа монахов выследила Гипатию, возвращавшуюся домой, схватила ее, приволокла в церковь Святого Михаила, раздела и забила насмерть. Расчленив труп, монахи выставили его куски на всеобщее обозрение, а потом отнесли на вершину холма Синарон и сожгли».

Иоанн Никиусский рассказывает о том же самом несколько по-другому: «Гипатия была язычницей, занимавшейся магией, применявшей астролябию, игравшей на множестве музыкальных инструментов. Силой своей сатанинской одаренности она околдовала множество людей. Префект Орест и тот поддался соблазну от ее чар. Но собрались верующие, сорвали с нее одежды, привязали ее к колеснице, чтобы показать на улицах, и привезли в церковь, где она умерла. Затем ее тело было сожжено. Так Кирилл уничтожил остатки идолопоклонничества в Александрии».

Похоже, Гипатия много занималась самостоятельными научными исследованиями и много написала, но все погибло при первом пожаре в Великой библиотеке Александрии вскоре после ее гибели.

Епископ же Кирилл был впоследствии канонизирован и стал святым Кириллом.