Медуза была девушкой поразительной красоты. Ее великолепные волосы стали легендой. Посейдону захотелось ею обладать. Превратив ее в птицу и пленив, он овладел ею в храме Афины. Богиня разгневалась за осквернение не на могущественного бога, а на соперницу и превратила ее в горгону. Роскошные волосы красавицы превратились в тонких змей, из ее рта выступили кабаньи клыки, ногти стали бронзовыми когтями. Кроме того, Афина прокляла Медузу: любой, кто по несчастью на нее взглянет, был обречен окаменеть. Из трех горгон только взгляд на Медузу был равносилен смерти. В конце концов Афина отправила героя Персея убить Медузу. Тот, предупрежденный о проклятии, сражался с нею, глядя на ее отражение в своем полированном щите. Так он смог не встретиться с ней взглядом, приблизиться и обезглавить ее.

Из безголового тела вырвались огромный Хрисаор, «золотой клинок», и крылатый конь Пегас, способный вызвать дождь ударом копыта по небу. Оба этих волшебных создания были сыновьями Посейдона. Персей преподнес голову Медузы богине Афине, а та украсила ею его щит.

Собрав кровь Медузы, Афина дала ее целителю Асклепию. Кровь из правой вены горгоны могла возвращать жизнь, кровь из левой вены была смертельным ядом.

Историк Павсаний называл Медузу царицей, якобы жившей близ озера Тритонида в нынешней Ливии и мешавшей греческой морской экспансии, за что с ней расправился молодой правитель Пелопоннеса.