Приговор не был приведен в исполнение. По ходатайству начальника 4-го управления НКГБ П. Судоплатова Серебрянского освободили, назначили начальником отдела 4-го управления (вербовка агентуры для глубокого оседания в Европе, США). В 1946 г. подал в отставку, с августа 1946 г. на пенсии по выслуге лет. Вернулся в органы в 1953 г., пом. начальника 9-го (диверсионного) отдела и вновь арестован с женой за участие в т. н. «бериевском заговоре», подготовке государственного переворота. В марте 1956 г. на допросе у следователя генерал-майора Цареградского умер от сердечного приступа. Прежний приговор Военной коллегии Верховного суда СССР по вновь открывшимся обстоятельствам отменен в мае 1971 г., дело за недоказанностью обвинения прекращено, Серебрянский Я. И. реабилитирован.
