Точно так же, как чрезмерное употребление антибиотиков приводит к мутации бактерий и к появлению устойчивых к антибиотикам видов, также и поголовная вакцинация приводит к быстрому появлению устойчивых к вакцине бактерий {19}. У привитых от коклюша появился новый штамм бактерии с более вирулентным коклюшным токсином. Этот штамм не существовал до начала вакцинации, и он приводит к большему количеству госпитализаций и смертей, чем обычный штамм {20}.

Место обычной коклюшной бактерии B. pertussis частично стала занимать также бактерия B. parapertussis (паракоклюш), от которой вакцина не защищает, и она уже ответственна за 16 % случаев болезни {21}. Согласно другому исследованию, паракоклюш ответствен за 36 % случаев болезни {22}. В исследовании на мышах прививка от коклюша повышала риск заболеть паракоклюшем в 40 раз по сравнению с непривитыми {23}.

Одним из компонентов бесклеточный вакцины является пертактин – это один из белков мембраны коклюшной бактерии. В странах, где используется бесклеточная вакцина, коклюшные бактерии с пертактином заменяются бактериями без пертактина. В Австралии штаммы без пертактина почти полностью вытеснили штаммы с пертактином всего за 4 года {24}. Генетический анализ штаммов коклюшной бактерии в Нидерландах выявил, что бактерия мутировала и адаптировалась к вакцине. Стали преобладать штаммы, в которых пертактин и коклюшный токсин отличаются от вакцинного штамма. Эти штаммы не существовали до начала вакцинации. То же самое наблюдалось в Финляндии, США и Италии {25}.

Другой тип бактерии, который заменяет обычную B. pertussis, это B. holmesii, который вызывает те же симптомы, что и коклюш, и от которого прививка неэффективна {26, 27}.