Поскольку геном ротавируса состоит из отдельных сегментов, то когда два разных штамма вируса заражают одну клетку, они могут обменяться сегментами и создать новый штамм. Это та же самая реассортация, которая происходит бесконтрольно.

Сообщается о случае гастроэнтерита у 7-летней девочки в Финляндии. Из ее кала был выделен штамм ротавируса, который представлял собой реассортацию двух других человеческо-бычьих штаммов из вакцины Ротатек. Однако девочка не была привита от ротавируса. Более того, она не контактировала ни с кем, кто был привит. У двух ее братьев тоже были похожие симптомы гастроэнтерита, они тоже не были привиты и не контактировали с привитыми. Выделенный реассортантный штамм вируса оказался стабильным и очень заразным. Авторы считают, что, скорее всего, этот новый вирус циркулирует среди населения {21}.

В Никарагуа исследователи проанализировали геном ротавируса у привитых детей с гастроэнтеритом и обнаружили новые штаммы вируса, которые образовались благодаря реассортации между диким штаммом и вакцинными штаммами из Ротатек {22}. Ранее реассортантные штаммы уже выделяли, но только у недавно привитых Ротатек. Сообщается также об обнаружении новых штаммов от реассортации дикого вируса с вакцинным штаммом Ротарикс {23}.

В исследовании в Финляндии обнаружилось, что 17 % детей выделяли вирус после прививки, а 37 % из них выделяли дважды реассортантный вирус. Некоторые дети выделяли вирус в течение длительного времени после прививки, от 9 до 84 дней после последней дозы {24}. В Австралии среди детей, у которых была диарея в течение 2 недель после вакцинации, 21 % болели от вакцинного штамма, из них 37 % были штаммы, реассортантные из двух вакцинных штаммов Ротатек {25}.