В ответ на антибиотики и на вакцинацию пневмококк быстро мутирует. Известно также, что бактерии пневмококка умеют менять свой серотип {28}. После начала вакцинации в США появился новый серотип (35В), который редко встречался ранее, но теперь из года в год оказывается ответствен за все большее количество пневмококковых инфекций. Этот серотип в 5 раз летальнее других серотипов и часто нечувствителен к антибиотикам {29}.

В Барселоне после начала вакцинации заболеваемость пневмококковой инфекцией выросла на 58 %, а среди детей – на 135 %. Заболеваемость вакцинными серотипами уменьшилась на 40 %, а невакцинными серотипами увеличилась на 531 %. Заболеваемость пневмонией и эмпиемой среди детей младше 5 лет выросла на 320 % {30}. В Солт-Лейк-Сити после начала вакцинации количество случаев пневмококковой инфекции снизилось на 27 %. Заболеваемость вакцинными серотипами снизилась с 73 до 50 %. Количество случаев заболевания от невакцинных серотипов увеличилось в 3 раза. Дети, заболевшие невакцинными серотипами, были госпитализированы на более длительный срок. Доля случаев, осложненных эмпиемой плевры, увеличилась с 16 до 30 %, а доля тяжелых случаев повысилась с 57 до 71 % {31}.

За первые 3 года после начала вакцинации (2001–2003) заболеваемость пневмококковой инфекцией среди детей-аборигенов на Аляске снизилась на 67 %. Но за следующие 2 года заболеваемость увеличилась на 82 %. Заболеваемость вакцинными серотипами снизилась на 96 %, а невакцинными увеличилась на 140 %. Доля случаев, осложненных эмпиемой плевры, увеличилась в 6 раз. Доля случаев с пневмонией и бактериемией увеличилась с 40 до 57 % {32}.

В Британской Колумбии заболеваемость инвазивной пневмококковой инфекцией среди детей до 5 лет снизилась на 78 % между 2002 и 2010 годами, но среди детей старше 5 лет, взрослых и пожилых она повысилась. Вакцинные штаммы заменились невакцинными. В целом заболеваемость не изменилась {33}. В Западной Виргинии заболеваемость среди детей снизилась в 2 раза между 1996 и 2010 годами, но среди взрослых она повысилась на треть. В целом заболеваемость немного увеличилась {34}.

В Северной Франции заболеваемость пневмококковым менингитом среди детей младше 18 лет увеличилась в 2 раза между 2005 и 2008 годами. Заболеваемость среди детей младше 2 лет увеличилась в 6,5 раза. Охват вакцинации за это время вырос с 56 до 90 %. В 2008 году заболеваемость пневмококковым менингитом сравнилась с допрививочной эпохой {35}. В Филадельфии заболеваемость вакцинными серотипами среди взрослых понижалась на 29 % в год в 2002–2008 годах, а невакцинными серотипами повышалась на 13 % в год. В целом заболеваемость увеличивалась на 7 % в год {36}.

В научной литературе опубликованы еще десятки статей, свидетельствующих о замене штаммов пневмококка с вакцинных на невакцинные и о замене пневмококка на гемофильные и другие бактерии. Все исследования показывают уменьшение заболеваемости вакцинными серотипами и увеличение заболеваемости невакцинными серотипами, но есть также исследования, согласно которым, несмотря на замену штаммов, общая заболеваемость пневмококком (или заболеваемость в некоторых группах населения) понизилась.