Под чужим флагом — это когда разведчик одной страны представляется агенту как разведчик страны совершенно другой. Соответственно, в случае провала и все шишки, с большой долей вероятности, упадут на ту, ничего не подозревающую страну, от имени которой действовал разведчик.
