Преподобный Серапион родился в 90-х годах XIV века в семье благочестивых родителей. Родиной его был город Юрьев, или Дерпт, который в то время находился во власти немцев.

Тяжело жилось немногочисленным православным русским в Юрьеве среди иноверного немецкого населения. Русские люди населяли особую часть города, носившую название «Русского конца». Здесь был храм во имя святителя Николая и святого великомученика Георгия, и родители преподобного Серапиона принадлежали к его приходу.

Много приходилось переносить православным жителям от немцев-латинян, желавших привлечь их к своей вере. Там, где не имела успеха лесть, пускались в ход угрозы, принуждения и даже побои. Боясь преследований и мучений, некоторые из православных отступали в латинство, другие, желая сохранить отеческую веру, переселялись из Юрьева в пределы Русской земли.

Но преподобный Серапион не обращал внимания на угрозы иноверцев и явился пламенным исповедником святой веры, ревностным обличителем латинян. Хорошо зная слово Божие и творения святых отцов, преподобный часто вступал в споры с латинянами и побеждал их, обличая в неправоте веры, в отступлении от древних святых уставов Вселенской Церкви. Всегда готовый пострадать за веру, ревностный ее поборник много перенес тяжких бесчестий и скорбей, но всегда был непоколебим и благодарил Господа, не оставлявшего его Своей благодатной помощью.

Когда преподобному Серапиону было около 35 лет от роду, он принужден был оставить родной город, так как немцы, грозившими ему тяжкими побоями, решили в конце концов насильно привлечь его к своей вере. Он переселился в Псковскую область, в пустыню при речке Толве, где тогда подвизался преподобный Евфросин (память 15/28 мая). Неизвестно, где принял преподобный Серапион монашеское пострижение, но только в пустыню он явился уже иноком. Преподобный Евфросин подвизался тогда в полном уединении и принял пришельца с радостью. Но Серапиону, не искусившемуся в монашеском житии, подвиги отшельника показались очень тяжелыми, и он хотел уйти из Толвской пустыни. Видя его колебания, преподобный Евфросин усердно просил своего сожителя пребывать с ним в непроходимой пустыне до конца жизни, но Серапион не соглашался. И говорил ему святой: «Брат! Великую скорбь причиняет мне уход твой и очень не хотел бы я разлучиться с тобой».

Слезы и мольбы не помогли, не помогла любовь, которую опытный в духовной жизни подвижник оказал своему начинающему сподвижнику. Серапион взял необходимые припасы для пути и, простившись с преподобным Евфросином, ушел от него. Однако, Господь немедленно вразумил Серапиона и возвратил его в сожительство преподобного Евфросина. Близ места их подвигов протекал небольшой ручей, заросший кустарником. Преподобному Серапиону надо было перейти через него. И вот, рубя кустарник топором, чтобы проложить себе путь, он сильно рассек колено левой ноги. Нужда теперь заставила его вернуться к Евфросину и просить прощения. «Прости меня, отче, ради Бога, — говорил Серапион, — ибо согрешил я пред тобою уходом своим. И тут Господь явно наказал меня. Но святые молитвы твои снова привлекли меня к тебе. Теперь же не отойду я от тебя, пока не умру на этом святом месте».

Незлобиво и кротко принял раскаявшегося брата Евфросин и только заметил ему тихо: «О, брат! Это происходит от нашего маловерия». Затем утешил больного, простил его и скоро исцелил от раны.

С этого времени Серапион начал вести трудную жизнь пустынника, разделяя нужды, лишения и подвиги своего учителя, преподобного Евфросина. 55 лет подвизались они вместе, до самой кончины преподобного Серапиона, который умер раньше Евфросина.

В Толвской пустыне вырос большой монастырь, который подвижники устраивали общими трудами, в монастыре этом было много усердных подвижников. Но Серапион едва ли не был усерднее всех из братии преподобного Евфросина. На каждую монастырскую работу он приходил раньше всех и оставлял ее последним. Он помогал своему учителю в управлении братией и в устройстве монастыря.

Непрестанными трудами, воздержанием и добродетелями Серапион превосходил в обители всех братий, являясь для них образцом послушания и иноческих добродетелей. Когда кто-нибудь из иноков оскорблял его, незлобивый подвижник все претерпевал со смирением и сам же первый просил прощения у обидчика. «Прости меня, раб Божий, прости меня, грешного», — говорил он при этом.

Друг, сподвижник и ученик преподобного Евфросина, он ежедневно открывал учителю свои помыслы, как больной показывает врачу свои раны. Все уставы и иноческие правила, которые вводил Евфросин, твердо и строго соблюдал Серапион. Дорожа каждой свободной минутой, он уходил в свою келлию и предавался молитве, пению псалмов или чтению Божественного Писания. Случалось, что в монастырь приходили христолюбцы, городские благотворители, и после общей трапезы устраивалась беседа, в которой принимали участие вместе с преподобным Евфросином и остальные братия. Но Серапион, любя подвиг уединения и молчания, тотчас после трапезы уходил в свою келлию, самую худшую, самую темную в монастыре, в которой ничего не было кроме святых икон. Здесь он слезно молился о всех требующих Божией помощи и благотворителях святой обители. Изнуряя плоть свою, преподобный не довольствовался келейными подвигами, но часто по ночам выходил на болотные места или на источник к часовне и здесь, полуобнажившись, предавал плоть свою на съедение комарам и оводам.

Строго соблюдая устав своего учителя, данный Трехсвятительской обители, преподобный Серапион никогда не пропускал Божественной службы; ранее всех из братии приходил в храм и последним оставлял его. Особенно любил он молитву церковную и предпочитал ее келейной, преподобный говорил обыкновенно: «Двенадцать псалмов, пропетых в келлии, не могут равняться единожды пропетой в храме краткой молитве: «Господи, помилуй!».

Отрекшись от всех благ земных, изнуряя воздержанием плоть свою, преподобный Серапион не только никогда не принимал сладкой или вкусной пищи, но и скудную пищу употреблял лишь в той мере, сколько требовалось ее для поддержания жизни. Одеждой подвижника было ветхое, разодранное рубище, едва прикрывавшее его наготу. И до тех пор носил он это рубище, пока оно, совершенно истлевши, не спадало с его плеч. Чтобы не видеть своего тела, святой никогда не обнажал его и не только не ходил в баню, но даже и не умывал водою лица и рук. В свою келлию преподобный никогда не допускал женщин, и если случалось где-нибудь встречаться с ними, он не смотрел на них, не разговаривал, старался скорее уйти, чтобы и мыслью не согрешить пред Богом. Так поступал он, в строгости исполняя предписания устава преподобного Евфросина.

От непрерывных подвигов и воздержания преподобный однажды тяжело заболел и целых 12 дней находился между жизнью и смертью. Но от тяжелых страданий чудесно его избавил явившийся ему преподобный Онуфрий (память 12/25 июня), во имя которого был устроен придел в монастырском храме. «Я пришел к тебе, чадо, на помощь, чтобы ты еще более утвердился в подвигах и делах Божиих», — сказал явившийся чудотворец наделенному.

После чудесного избавления от болезни преподобный Серапион еще с большим рвением стал подвизаться в молитве, воздержании и борьбе с греховной плотью.

Ради великих подвигов своих преподобный еще при жизни удостоился от Господа дара прозрения и чудотворений. Однажды, незадолго до своей кончины, в 1479 году, во время церковной службы Серапион с громким плачем и рыданиями молился перед чудотворным образом Божией Матери. Удивленные братия по окончании службы спросили преподобного: «Отче, о чем ты так горько плакал пред иконой Пречистой Богоматери?» Он отвечал: «О душе моей, не уготованной к исходу от тела, и о том еще, что в годину моей кончины сильный враг из Ливонии (немцы) с многочисленной ратью подступит к Пскову». И потом в утешение братии прибавил: «Молитесь и уповайте на милость Божию! Господь святых ради молитв Пречистой Своей Матери и Псковских чудотворцев умилосердится над градом благоверной княгини Ольги и сохранит его, а святая обитель эта неприкосновенна будет».

Пророчество преподобного сбылось. Со стотысячной ратью, как раз в год кончины преподобного, к Пскову подступили немцы и хотели взять его. Но псковичи, воодушевленные чудесным явлением святого князя Довмонта († 1299; память 20 мая/2 июня), разбили их, и город остался цел.

Несколько ранее, в 1476 году, один латыш-крестьянин, по имени Отто, или Антоний, у которого сильно и долго болели от гнойной раны ноги, был привезен родственниками в Спасо-Елеазаровскую обитель. Увидев преподобного Серапиона, выходящего из церкви, больной попросил у него исцеления. Но святой молча прошел в свою келлию. Веруя в силу преподобного, Антоний взял снег от его следов, стал примачивать им свои раны и тотчас же почувствовал облегчение от болезни. Когда Антоний явился благодарить святого за чудесное исцеление от раны, подвижник смиренно сказал ему: «Чадо, Бог исцелил тебя за святые молитвы Пречистой Своей Матери, а не я грешный».

8 сентября 1480 года после непродолжительной болезни преподобный Серапион скончался на 90-м году своей жизни и был погребен своим учителем преподобным Евфросином. От подвигов воздержания и тяжких трудов тело преподобного представляло из себя одни кости и кожу. Ветхое рубище и власяницу подвижника после смерти его никто не хотел взять себе. Не только братия, но даже и нищие не дотронулись до этих одежд, когда они были оставлены за монастырской оградой.

И после кончины своей, как и при жизни, преподобный Серапион по воле Божией совершил много чудес, являясь скорым помощником и врачом недугов телесных и душевных для притекающих к нему с верою больных и скорбящих.

Один псковский мальчик Павел совершенно ослеп. Однажды его родители в день памяти преподобного Серапиона привели мальчика в монастырскую церковь. За службой больной задремал и увидел, что какой-то благообразный старец, — это был преподобный Серапион, — коснулся его очей своей рукой. Павел тотчас получил исцеление и, проснувшись от этого прикосновения, стал видеть.

Одна женщина из Ивангорода, по имени Мелания, не любимая своим мужем, часто терпела от него побои. Несчастная женщина хотела покончить жизнь самоубийством. В отчаянии она готова была броситься в прорубь, как вдруг явился преподобному Серапион и удержал ее за руку с такими словами: «Зачем ты хочешь погубить жизнь свою? Молись преподобному Серапиону Толвскому и иди в свой дом с радостью. Отселе муж будет любить тебя, а ты не ропщи на него и не бранись с ним». Так случилось все по словам преподобного.

Больным лихорадкой, параличом и другим недужным преподобный Серапион по молитве их подавал чудесную помощь.

Мощи преподобного Серапиона почивают под спудом в Спасо-Елеазаровской обители. Память его празднуется местно дважды в год: вместе с памятью преподобного Евфросина — 15/28 мая и отдельно — в день блаженной кончины.

Изрядством жития чистоту девства приим, Серапионе, и вся красная мира сего возненавидев, Христа единаго возлюбил еси. Сего ради во внутреннюю пустыню вселився и со зверьми живый, весь Христов спостник и друг Евфросина учителя твоего был еси: темже и молим тя: поминай нас чтущих святую память твою, да зовем ти: радуйся, пустынная похвало, преподобне отче наш.

От высокоумия искус приим смиренномудрия, благодатию Божиею явился еси рачитель богоносне Серапионе. Желанием бо Божественныя любве вжигаемь, житейския молвы оставль, ревнитель учителю твоему Евфросину был еси, безмолвием и жестоким пребыванием последуя Христу: бдением же и молитвою и постом образ был еси спостником твоим: ныне же молися Господеви, богоблаженне, спастися душам нашим.