Арест Афанасия вызывался не столько его борьбой с унией, сколько политическими причинами. Около этого времени правительство осведомилось о существовании в Польше самозванца, названного выше Лубы; в 1644 г. о Лубе говорил с преподобным московский посол, желая узнать, именует ли себя царевичем его бывший воспитанник. В письме Лубы, переданном Афанасием послу, нашлись указания, что он зовет себя царевичем, и московское правительство потребовало выдачи самозванца, король и сенаторы защищали его, но, наконец, вынуждены были отправить его в Москву для допроса. Боясь, что московское правительство не отступит от своих требований о выдаче Лубы, польские власти арестовали святого Афанасия в надежде, не тронет ли участь игумена царя и бояр и не отнесутся ли они поэтому мягче к судьбе Лубы. На арест могло иметь влияние и то, что польское правительство подозревало, не Афанасий ли указал московскому послу на забытого в то время самозванца.
