Спустя шесть лет после открытия мощей святителя Филиппа, а именно в начале 1652 года, по желанию царя Алексия Михайловича церковным собором было постановлено перенести мощи святителя Филиппа из Соловецкого монастыря в Московский Успенский собор. Думают, что эту мысль подал царю Никон, митрополит Новгородский, бывший впоследствии Патриархом Всероссийским. Тогда же решено было почтить память двух других первосвятителей Московских — Иова и Гермогена, перенеся в Успенский собор их останки. В жизни и деятельности названных иерархов была та общая черта, что они были твердыми защитниками Церкви и государственности в смутные годы нашей истории, а два из них и скончались мучениками во исполнение слов Спасителя: Пастырь добрый душу свою полагает за овцы (Ин. 10, 11).

Святой митрополит Филипп, восставший против опричнины и жестокости царя, послан в заключение в Тверской Отрочь монастырь и там задушен Малютой Скуратовым. Иов, первый Патриарх Российской Церкви, за противодействие самозванцу с позором был низведен им с Патриаршего престола и заключен в Старицкий монастырь, где он и скончался 19 июня 1607 года. Наконец, Патриарх Гермоген, неустрашимый борец против врагов Церкви и отечества во время нашествия поляков на Москву, был уморен ими голодом и скончался 17 января 1612 года, после десятимесячного заключения в Московском Чудовом монастыре.

Сам престарелый патриарх Иосиф торжественно перенес гробницу патриарха Гермогена в Успенский собор. За гробом патриарха Иова был послан другой старец, митрополит Ростовский Варлаам. С первых же дней Великого поста начались большие приготовления к отправлению посольства на Соловки за мощами святителя Филиппа. Во главе посольства было приказано ехать митрополиту Никону, другу царя, к митрополии которого к тому же принадлежала тогда Соловецкая обитель. Сопровождать митрополита назначен был князь Иван Никитич Хованский и многочисленная свита из духовенства и государевых служилых людей. Многие бояре и сами спешили испросить себе отпуск на Соловки помолиться. По приказанию Государя для чудотворцевых мощей был приготовлен на казенном дворе бархатный покров. Более недели прошло в приготовлениях. Наконец, 11 марта, в четверг на второй неделе Великого поста, состоялись торжественные проводы митрополита Никона в Соловки. В Успенском соборе был отслужен молебен, на котором присутствовал сам Государь, и Никон с своей свитой в тот же день выехал из Москвы.

Предстоял дальний и небезопасный путь, вследствие ожидавшегося вскрытия рек и бурности Белого моря. Действительно, 15 мая, на второй же день морского плавания, в которое Никон со своей свитой отправился на десяти больших лодках, поднялась страшная буря. Суда были сорваны с якорей и с изодранными парусами носились по морским волнам, пока не были выброшены на берег. А одна ладья (дьяка Леонтьева) после этой бури была найдена плавающей в море разбитая пополам, так что не оставалось сомнения в том, что все ехавшие в ней потонули; в числе погибших оказались игумен, несколько священников и старцев, отправленных в свите Никона. Но это печальное событие не могло устрашить Новгородского владыку, человека с несокрушимой силой воли. Оправившись несколько на суше от морского крушения, он пересел на другие суда, как только они были готовы, и не медля продолжал путь.

3 июня московское посольство, наконец, достигло Соловецкого острова, где в обители преподобных Зосимы и Савватия хранились, как бесценное сокровище, честные мощи страдальца Христова Филиппа. Митрополит Никон немедленно отправился в соборную церковь Преображения Господня и отслужил благодарственный молебен по случаю прибытия на Соловецкий остров. После молебна Никон обратился к монашествующей братии с речью. Упомянув о подвигах и страдальческой кончине святителя Филиппа, он сообщил, что «благочестивый царь Алексий Михайлович по совещанию с благоверною своею царицею и отцом своим Святейшим Патриархом вознамерился возвратить мощи святого митрополита Филиппа в свой царственный град, да водворится опять на первопрестолии своем, в дому Пресвятыя Богородицы, и да разрешит своим пришествием грех прадеда его царя Иоанна. Послал же нас Государь, — заключил свою речь Никон, — во святую сию обитель и велел нам, богомольцам своим, купно с вами молить о том Христа Бога и святого отца Филиппа, чтобы Господь Бог сподобил, а святой Филипп соизволил, в царствующий град придти на престол своего святительства». По окончании речи Никон показал братии привезенные с собою грамоты святому Филиппу от царя и патриарха и тут же положил их в раку святителя. Затем назначил всеобщий трехдневный пост и усиленные всенощные моления.

По прошествии трех дней, накануне Духова дня, было торжественно отслужено праздничное всенощное бдение с приложением канона святителю Филиппу, а в самый праздник (7 июня) — перед литургией молебен с водосвятием. По окончании литургии митрополит Никон, став на амвоне перед собравшейся братией, во всеуслышание прочел оба послания к святителю Филиппу. «Молебное послание» царя Алексия Михайловича сохранилось в полном виде. Приводим его в переводе на современный язык.

«Христову подражателю, небесному жителю, вышеестественному и Ангелу во плоти, лучшему и премудрому духовному учителю нашему, пастырю же и молитвеннику, великому господину, отцу отцев, преосвященному Филиппу, митрополиту Московскому и всея Руси, по благоволению Вседержителя Христа Бога царь Алексий, чадо твое, молитвами святыми твоими здравствует. Ничто так не печалит моей души, пресвятый владыка, как то, что ты не находишься в нашем богохранимом царствующем граде Москве во святой великой и славной соборной апостольской церкви Успения Пресвятой, Пречистой и Преблагословенной Владычицы нашей Богородицы и Приснодевы Марии вместе с бывшими до тебя и после тебя святителями, чтобы вашими совокупными молитвами пребывала неподвижно Святая Соборная и Апостольская Церковь и вера Христова, которою спасаемся, и стадо нашей святительской паствы оставалось безопасным от губительных волков; ибо и мы крепки не своею силою и многооружным воинством, но Божией помощью, и вашими святыми молитвами все им на пользу устраивается. Еще молю тебя и желаю пришествия твоего сюда, чтобы ты разрешил согрешение прадеда нашего, царя и великого князя Иоанна, совершенное против тебя нерассудно, завистью, несдержанною яростью, ибо твое на него негодование как бы нас делает сообщниками его злобы. Хотя я и не повинен в досаждении тебе, но гроб прадеда постоянно убеждает меня, приводит в жалость; слушая о твоем житии и страданиях, мучаюсь совестью, что ты со времени изгнания твоего и доныне пребываешь вдали от твоей святительской паствы. И ради этого преклоняю сан мой царский за согрешившего против тебя, да отпустишь ему согрешение своим пришествием к нам, да подашь ему прощение и тем да уничтожится поношение, которое лежит на нем за твое изгнание. Пусть все уверятся, что ты примирился с ним ради благодати твоего к нам пришествия и пребывания во Святой, Соборной и Апостольской Церкви. Молю тебя о сем и честь моего царства преклоню пред честными твоими мощами, повергаю к молению тебе всю мою власть, приди и прости оскорбившего тебя напрасно, ибо он тогда раскаялся в содеянном грехе. За его покаяние и за наше прошение приди к нам, святый владыко, так как уже оправдалось евангельское слово, за которое ты пострадал. Если царство разделятся само в себе, не может устоять царство то (Мк. 3, 24). Теперь у нас нет прекословящих словам твоим о сведениях Господних, и благодать Божия ради святых твоих молитв в нашем царстве всегда изобилует, нет уже ныне в твоей пастве никакого разделения; если бы оно было, не устояло бы доселе (царство) ради разделения. Но ныне все единомысленно просим и молим тебя: даруй себя желающим тебя, приди с миром во своя си, и свои тебя примут с любовью, и не вмени себе в некое искушение посылаемое нами моление! Ты знаешь, воистину, освященная главо, что нам это чуждо. Посему уповаем на Господа скоро тебя увидеть и облобызать ожидаемые нами честные твои мощи. О, священная глава, святый владыко Филипп, пастырь наш! Молим тебя, не презри нашего грешного моления, прииди к нам с миром. Царь Алексий, желающий видеть тебя и поклониться мощам твоим святым».

Умилительное послание набожного царя произвело на всех присутствующих сильное впечатление. Плач братии, сокрушавшейся при мысли о необходимости скоро расстаться со своей уважаемой святыней, не раз прерывал чтение привезенных грамот. И сам Никон не мог удержаться от слез, когда молил святителя, «яко да изволит отойти в царствующий град с миром».

Памятником скорби соловецких иноков до сих пор служит следующий гимн, сложенный ими на день проводов своего пастыря и учителя. «Не подобало бы тебе, о святитель Филипп, оставлять твое отечество! Но должно к нам возвратиться, где ты духовно породился, где ты понес разнообразные труды богоносным отцам и где, наконец, воздвиг ты великолепные храмы во спасение иноков и к славословию Творца. Моли Того, помолись Тому о спасении душ наших».

Когда волнение несколько стихло, архимандрит с братией просили Никона об оставлении части святых мощей на благословение обители. Никон тотчас же согласился исполнить их просьбу и, «мало укрывшись», начал отделять часть святых мощей. В ту же минуту митрополит почувствовал чудесное благоухание, которые сподобились обонять и многие из предстоящих. Рака с честными мощами святителя Филиппа была поднята, поставлена на уготованный одр и покрыта привезенным из Москвы царским покровом. Затем при пении иноков и торжественном звоне колоколов ее понесли из собора на морское судно. Снова раздался неописуемый плач соловецкой братии. Многие из иноков от слез не могли даже идти и в изнеможении падали на пути. Но велика была радость самого митрополита и его свиты: им казалось, что и солнце в тот день светило ярче и воздух был благораствореннее. Когда святые мощи поставлены были на судно, а крестный ход возвратился в монастырь, Никон угощал братию трапезою от царского имени и оделял подарками. К вечеру того же дня (7 июня) он отправился в обратный путь в Москву.

Обратное путешествие митрополита Никона из Соловков в Москву совершилось в один месяц и без особенных препятствий. Весь путь от берегов Белого моря до Москвы, путь, которым святой Филипп возвращался в престольный град свой после осуждения, изгнания и мученической кончины, представлял из себя необычную и умилительную картину, ибо народ выходил всюду большими толпами с крестами и хоругвями, чтобы встретить и проводить святые мощи страдальца Христова.

Первую ночь пути Никон провел на острове Заяцком, где некогда святой Филипп устроил пристань и гостиницу для плавателей. Пробыв здесь два дня в ожидании погоды, 10 июня Никон отправился в море и во время плавания по нему только на несколько времени останавливался у острова Кия пред устьем реки Онеги, где он к своей радости нашел целым поставленный им еще в 1639 году крест в благодарность Богу за спасение от потопления во время морской бури. На Онежском устье, куда Никон со святынею вошел 11 числа утром, его уже давно ждали царские гонцы с важными письмами из Москвы. В них царь Алексий сообщал своему любимцу, что по случаю кончины Святейшего Патриарха Иосифа «сделалась вдовствующею мати наша Соборная и Апостольская Церковь», и умолял его поспешить возвращением в Москву, чтобы поскорее приступить к избранию нового первосвятителя, давая ясно понять Никону, что он хочет видеть его Патриархом всея Руси.

Митрополит не мог ослушаться царского повеления и ускорил свой путь. Пересев на речные суда, отправились вверх по реке Онеге и достигли Каргополя. За версту от города святые мощи были встречены духовенством с крестами и множеством народа. В городе мощи были внесены в соборную церковь Рождества Христова, и митрополит Никон отслужил перед ними молебен. На другой день Никон совершил здесь литургию и после полудня продолжал плавание по рекам и озерам до пристани Волока-Короткого, откуда сухим путем направился к Кириллову монастырю. В деревне Взвозе, принадлежащей названной обители, раку с честными мощами поставили опять в судно и плыли реками Шексною и Волгою до Ярославля, куда после пятидневного плавания и прибыли 30 июня. Здесь плавание должно было окончиться, и Никон, не теряя времени, продолжал дорогу сухим путем через Переяславль Залесский на Троице-Сергиеву Лавру. 3 июля, не доезжая верст семи до обители преподобного Сергия, митрополит Никон остановился в ожидании царского указа; но так как никаких грамот от царя не было получено, то утром 4 июля, накануне дня обретения мощей преподобного Сергия, мощи святителя Филиппа были торжественно внесены в лавру и поставлены в соборе Живоначальной Троицы.

Никон служил здесь молебен и литургию и после обеда отправился далее, спеша согласно прежнему царскому указу скорее достигнуть Москвы. Но едва он успел отъехать шесть верст, как был встречен государевым стольником с запоздавшим царским повелением остановиться в Троице-Сергиевой Лавре и ждать здесь дальнейших распоряжений. Чтобы не возвращаться назад, Никон расположился ожидать повелений в селе Воздвиженском, в 12 верстах от Троицы. Святые мощи не были внесены в местную деревянную церковь за многолюдством стекавшегося отовсюду для поклонения им народа и за опасением пожара от множества горевших свечей, но были помещены под царским шатром.

Сюда же в село прибыли посланные царем для встречи и сопровождения святых мощей до Москвы митрополит Казанский Корнилий и Вологодский архиепископ Маркелл с духовенством и боярин князь Трубецкой со своей свитой.

Это новое почетное посольство прибыло в село Воздвиженское в ночь на 6 июля и утром 7-го, после молебна перед мощами святителя Филиппа, торжественное шествие снова и на этот раз уже не так поспешно направилось к Москве. Митрополит же Никон после проводов из Воздвиженского, согласно царскому повелению, отбыл вперед в Москву. 8 июля мощи святителя Филиппа были перенесены в село Ростокино и поставлены в шатре близ церкви за невозможностью пронести их через узкие церковные двери.

Между тем в Москве готовилась царем великолепная встреча первосвятителю Христову. Она состоялась 9 июля.

Рано утром весь путь от Кремля до нынешней Крестовской заставы был занят толпами народа. Из Успенского собора вышел крестный ход. Во главе многочисленного духовенства и архиереев шли митрополит Никон и митрополит Варлаам Ростовский. За ними в богатейшем наряде с драгоценным посохом в руке шествовал сам царь, окруженный блестящей свитой.

Крестный ход был уже за Сретенскими воротами, у Напрудного, когда показалось шествие со святыми мощами, которые были приостановлены подле приходской церкви Троицы на Капельках, на месте, доныне называемом «у Креста», потому что в память описываемого события здесь поставлен дубовый крест, сохраняющийся и теперь в часовне. Тут произошло неожиданное и печальное событие. Престарелый митрополит Варлаам, несмотря на все убеждения царя хотевший принять участие в торжестве, так изнемог от утомления, что, не успев достигнуть раки святителя Филиппа, сел в креслао и скончался. Отдав нужные распоряжения, Государь поспешил навстречу святому Филиппу. Он пал на землю перед его нетленными останками и со слезами умиления благодарил Господа, давшего ему узреть мощи святого угодника Божия, возвращающегося со славою в первопрестольный град, откуда он так позорно был изгнан его царственным предком. После того рака со святыми мощами была принята царем и боярами на головы и шествие направилось через город к Кремлю. Оно живо описано самим царем в письме к одному воеводе.

Стечение народа по всему пути от Напрудного до кремлевских соборов было настолько велико, что «нельзя было и яблоку упасть». Среди пения и звона колокольного раздавались вопли бесчисленных больных, которые на коленях или лежа на одрах взывали к угоднику Божию о помощи. Произошло при этом несколько чудесных исцелений. При встрече у Напрудного получила исцеление немая и бесноватая женщина, которая тут же стала говорить и сделалась совершенно здоровой. У Лобного места произошло другое чудо — исцеление девицы. Когда же святые мощи были поставлены на Лобном месте для молебна и сразу стали видимы даже стоявшим вдали, то все прослезились, умиленные видом торжества, с которым пастырь, изгнанный напрасно, возвращается опять на свой престол. Медленно подвигаясь сквозь густые толпы народа, священная процессия достигла Кремля, где на площади у Грановитой палаты еще был исцелен слепой. Наконец, святые мощи были внесены в Успенский собор и поставлены на том самом амвоне, с которого святой митрополит Филипп при жизни раздавал благословение, поучал паству и обличал грозного царя. Тотчас же по внесении святых мощей в собор отслужена была Божественная литургия. Десять дней стояли мощи святителя Филиппа среди собора, переполненного с утра до вечера молящимися, и при них — неутомимый в своей ревности Никон, читавший молитвы над больными и благословлявший людей от имени новоявленного чудотворца. Все эти дни раздавался звон колоколов, как на святой неделе; радость была всеобщая.

Перед святыми мощами постоянно служили молебны, и от них изливались новые чудеса. Не было дня, пишет царь, чтобы кто-нибудь не получил исцеления; самое меньшее, когда в сутки исцелялось двое или трое, но было по пяти, шести и даже до семи чудесных исцелений, и не только болевшие восемь лет, но и двадцать и тридцать лет страдавшие всякими болезнями, кровоточивые и бесноватые, с равной легкостью исцелялись. Поразительный случай исцеления жены Стефана Вельяминова. Будучи слепой и глухой восемь лет, она кроме того страдала еще и головной болью. Страдания эти настолько усилились, что она уже велела читать отходную и забылась, но явился ей чудотворец и сказал: «Вели себя нести к моему гробу!» И как только ее принесли к мощам святителя Филиппа, она в тот же час прозрела, начала слышать, встала на ноги и, возблагодарив Бога и Его великого угодника, пошла домой вполне здоровой.

17 июля в Успенском соборе происходило особое празднество перед мощами святителя Филиппа по случаю их перенесения. Накануне этого дня торжественно отслужены были вечерня и всенощное бдение, а в самый праздник — литургия. На все богослужения выходил Государь в праздничном наряде. Празднество закончилось обильным угощением у Государя. Можно думать, что именно в этот день мощи святителя, переложенные в новую серебряную раку, были поставлены на приготовленное для них место — с правой стороны собора, близ иконостаса, у придела святого великомученика Димитрия Солунского. Здесь они находятся и доныне.

С этих пор память святителя Филиппа стала чествоваться особенно торжественно. День страдальческой кончины его, 23 декабря, праздновался в Москве соборным служением патриарха; не менее торжественно отправлялся и праздник 17 июля в честь перенесения мощей святого Филиппа. Но так как торжество 23 декабря ослаблялось службою наступавшего сочельника перед Рождеством Христовым, то иногда оно переносилось на Рождественские праздники и на первые числа января и даже на февраль месяц. Праздник в честь перенесения мощей святителя также переносился на другие числа июля и даже на август. Наконец, в 1661 году праздники в честь святителя Филиппа были окончательно перенесены по воле царя Алексия Михайловича с 23 декабря на 9 января и с 17 июля на 3 число того же месяца. В эти дни празднуются они и доныне.

Первопрестольников преемниче, столпе Православия, истины поборниче, новый исповедниче, святителю Филиппе, положивый душу за паству твою: темже яко имея дерзновение ко Христу, моли за град же и люди, чтущия достойно святую память твою.

Православия наставника и истины провозвестника, златоустаго ревнителя, российскаго светильника, Филиппа премудраго восхвалим, пищею словес своих разумно чада своя питающа. Той бо языком хваления пояше, устнама же пение вещавше, яко таинник Божия благодати.