Преподобный Нил Столобенский родился в конце XV столетия в одном селе Новгородской области, Деревской пятины, Жабенского погоста. Кто были родители преподобного и какое имя носил он в миру — неизвестно. Известно только, что отец и мать его вели благочестивую жизнь и воспитали сына в страхе Божием. С ранних лет отрок воспламенился любовью к Богу и, оставив родительский дом, удалился в Псковскую область, в монастырь святого Иоанна Богослова, именуемый Крыпецкий. Здесь он принял пострижение в монашество и был назван Нилом, во имя Нила Постника, подвижника Синайской горы. Приняв на себя ангельский образ, преподобный Нил начал проводить высокую подвижническую жизнь, удручая плоть свою строгим воздержанием. Сколько лет подвизался преподобный в обители — неизвестно. Оставив Крыпецкий монастырь, преподобный около 1515 года ушел в лесную пустыню и остановился в Ржевском уезде в дремучем лесу, близ реки Серемхи. Подвижник питался здесь лесными травами и желудями. Измождая плоть свою, он укреплял душу непрестанным богомыслием, постом, бдением и молитвой.

Видя высокую жизнь пустынника, исконный враг нашего спасения, диавол, восстал на него со всей злобой. Первоначально он старался устрашить святого и изгнать его из пустыни разными привидениями. Принимая на себя вид страшных зверей, змеев и гадов, бесы устремлялись на святого с диким свистом и воплем. Святой же, как мечом, отражал демонские нападения крестным знамением и усердными молитвами. Посрамленный твердостью пустынника, диавол внушил разбойникам замысел убить святого Нила. Но преподобный, принесши молитву Богу о помощи, бестрепетно вышел к ним навстречу со своей келейной иконой Пресвятой Богородицы, и сила Небесной Заступницы превратила злодеев в боязливых и кротких людей. Разбойникам показалось, что святого сопровождает целый полк вооруженных воинов; в ужасе они упали на землю к ногам преподобного Нила и, открыв ему свое злое намерение, просили прощения в грехе. Кроткий и незлобивый подвижник сказал им: «Не ваше это дело, чада, но общего нашего врага, диавола, ненавистника всего доброго в роде человеческом». И преподав им наставление, преподобный с миром отпустил разбойников.

По-прежнему он прилагал труды к трудам и подвиги к подвигам, воссылая день и ночь благодарные молитвы к Богу.

Прошло несколько лет со времени поселения преподобного Нила в пустыне Серемхской. По окрестным селениям прошел слух о его богоугодной жизни, и многие из благочестивых жителей этих селений стали приходить к святому за молитвой и наставлением. И все они получали от него, как от неоскудеваюшего источника премудрости и благочестия, великое утешение, и преподобного Нила превозносили похвалами за его дивные подвиги и милосердие. Тяжело было смиренному подвижнику от похвал людских. Боясь потерять награду от Бога за свои труды, он сказал сам себе: «Что мне делать? За грехи свои я несу подвиг пустыни. Сам Владыка Мой Христос дал нам пример смирения и не велел добрые дела творить напоказ людям, но совершать их в тайне, чтобы Отец наш Небесный, видя в тайне, воздал явно. Лучше мне отойти от места сего, ибо, принимая честь от людей, могу сделать тщетными труды свои и, изнурив свою плоть, боюсь лишиться награды». И с того времени преподобный Нил начал днем и ночью молиться Богу и Пречистой Его Матери, взывая к Ней: «Пресвятая Владычица, Мати Христа Бога нашего! Ты знаешь, что всю мою надежду по Боге я на Тебя возлагаю. Ты же Сама, как ведаешь, наставь меня на путь, которым я должен идти, чтобы спастись».

Матерь Божия исполнила его, прошение: однажды преподобный на молитве немного задремал и вдруг услышал голос, говорящий ему: «Нил! Выйди отсюда и иди на остров Столобное; на нем ты можешь спастись». Преподобный исполнился радости, слыша небесный глас, благодаря Пречистую Богородицу, что не презрела моления его. С тех пор подвижник сам стал расспрашивать об этом острове своих посетителей. Ему сказали, что остров Столобное находится на озере Селигере, в семи верстах от города Осташкова, что место то пустынно и никто не живет на нем. Получив нужные сведения об острове, преподобный оставил Серемхскую пустыню, в которой подвизался 13 лет (с 1515 по 1528 гг.), и с радостью отправился в путь, возложив надежду на Бога, Спасителя человеков.

Пришедши на остров Столобное, преподобный Нил обошел его, увидел, что он весьма удобен для уединенного безмолвного жития, и поселился там. Остров этот очень невелик; на нем рос вековой лес, а в лесу вызревало множество всяких ягод. Преподобный возлюбил это красивое место, окруженное со всех сторон водами Селигера. На острове Столобном возвышается гора, тогда покрытая сосновым бором. Поднявшись на гору, преподобный молитвой благодарил Бога за то, что не презрел моление его, но привел на место сие. «Се, Господи, покой мой, — говорил пустынник, — се жилище мое во веки веков».

После слезных молитв подвижник начал устраивать себе жилище. Он выкопал в горе небольшую пещеру, в которой находил кратковременный покой от трудов своих. В ней он прожил одну зиму; с наступлением весны из леса, росшего на острове, построил себе на той же горе небольшую келейку и часовню. В строгом уединении преподобный начал свои труды и подвиги, радуясь духом, вознося ум свой к небесному, помышляя всегда о часе смертном и о праведном воздаянии в будущей жизни; тело и душу он упражнял во всенощных стояниях и молитвах; беспрестанно поучался в законе Господнем и изливал душу свою пред Господом во псалмех и пениих и песнех духовных, поя и воспевая в сердце своем Господу (см.: Еф. 5, 19), «ибо на Него, — говорил святой, — уповала душа моя и Он был мне помощником».

Пищу преподобный приобретал своими трудами: он возделывал землю мотыгою, сеял хлеб и сажал овощи, и таким образом ел хлеб, по слову Писания, в поте лица своего (Быт. 3, 19). Ненавистник добра диавол воздвиг брань на преподобного и здесь, на острове Столобном, как прежде в пустыне Серемхской. Однажды он явился подвижнику видимым образом и обратился к нему с такими словами: «Выйди отсюда, монах, зачем ты пришел на это место? Сам видишь, что место это пусто и ни к чему не пригодно, а окрестные жители злы. Зачем ты хочешь трудиться здесь без пользы?» Преподобный же, оградив себя крестным знамением, произнес псалом: Да воскреснет Бог и расточатся врази его (Пс. 67, 1). Тогда диавол исчез, как дым, и стал невидим.

В другой раз, когда Нил оканчивал в келлии своей всенощное бдение, диавол пришел к нему в видении с целым полчищем бесов. Они принесли с собой веревки и, окружив келлию святого, как будто оцепили ее веревками и неистово кричали: «Потащим келлию и бросим ее в озеро». Но блаженный не устрашился, он вознес пламенную молитву к Богу об избавлении от напасти и говорил: «Внуши, Боже, молитву мою, и не презри моления моего (Пс. 54, 1). Господи, Защитниче мой! Обыдоша мя беси, яко пчелы сот, иразгоре-шася, яко огнь в тернии, и именем Господним противляхся им (Пс. 117, 2)». Услышав слова молитвы, сатана со всем воинством возопил: «Не знаю, что мне и делать теперь. Вот, ты совершенно победил меня и все воинство мое. Но знай, что я не отступлю от тебя, пока не одолею и не смирю тебя». Преподобный с твердым упованием на Бога дерзновенно ответил диаволу: «Будь ты проклят, нечистый, и все дела твои. Слава же и честь и поклонение Единому Истинному Богу нашему, попирающему и повергающему тебя под ноги любящих Его. Знай ныне, окаянный и бесстыдный, что я и все уповающие на имя Господне не убоимся тебя и всех привидений твоих».

Так при всех ухищрениях своих дух злобы не мог отвлечь преподобного от любви Христовой, удалить его с пустынного острова и, побежденный крепким дерзновением к Богу, оставил святого.

Ненависть людей также оказалась бессильной против подвижника, одинокого и безоружного, но сильного надеждой на Господа. Так, в одно время жившие против Столобного острова поселяне, завидуя святому, что он — дальний и чуждый пришелец — один владеет и пользуется островом, а они — соседние жители — не извлекают из него никаких выгод, пришли на остров рубить лес, чтобы потом сжечь его здесь же и распахать землю для посева. Преподобный умолял их: «Оставьте мне бор, по крайней мере, на одной горе». На этой горе была келлия его. Но они не послушали подвижника. Возбуждаемые бесовским внушением и завистью, крестьяне хотели совсем прогнать преподобного с уединенного острова или предать его смерти. Они вырубили весь лес, оставив одну только сосну близ жилища преподобного. Затем зажгли срубленные деревья, надеясь, что огонь дойдет до келии святого и она сгорит. Действительно, огонь разлился по острову, с шумом и треском сжигая срубленные деревья, угрожая сосне, стоявшей близ келлии святого, и самой келлии и ее обитателю. Тогда святой Нил слезно молился Богу об избавлении от напасти, воспевая псалом Давида: Боже, в помощь мою вонми, Господи, помощи ми потщися. Да постыдятся и посрамятся ищущий душу мою, да возвратятся вспять и постыдятся хотящия ми злая (Пс. 69, 1-3). И Милосердный Господь не оставил Своего раба, уповающего на Него, но вскоре услышал молитву его и избавил от напасти. Когда огненное пламя, с яростью истреблявшее деревья, дошло до горы, где стояла келлия святого, то вдруг, по мановению Божию, угасло, как бы залитое водою. Увидев скорую милость Божию, преподобный возрадовался духом и возблагодарил Господа, а его недоброжелатели со стыдом и страхом возвратились домой.

Но диавол, чем более терпел поражений от святого, тем с большей яростью нападал на него. Он возбудил против святого разбойников. Пришли однажды на остров к преподобному разбойники, называемые «кочененки». Они думали, что у преподобного много сокровищ, и хотели воспользоваться ими. Преподобный в то время трудился вне келлии. С угрозой они кричали пустыннику: «Старик, сказывай, где твое сокровище?» Святой, ничего не имея у себя, кроме ветхого рубища и одной келейной иконы Пресвятой Богородицы, которая уже раз спасла его от разбойников, сказал им: «Чада, мое сокровище — в углу келии». Они бросились в келлию святого, но как только посмотрели в передний угол, где стояла икона, внезапно ослепли, пораженные ее чудесным сиянием. Объятые страхом, они пали ниц на помост келейный и плакали, преподобный вошел в келлию и, увидев разбойников в таком положении, сказал им: «За чем пришли, чада, то и собирайте». Разбойники просили у святого прощения в своих согрешениях и открыли ему все бывшие у них злые намерения против него, преподобный увещевал их удаляться от худых дел; они же с горькими слезами умоляли святого: «Прости нас, отче, Бога ради, прости, в чем мы согрешили пред Богом и пред тобою, и молись о нас». Видя, что разбойники с сердечным сокрушением каются в своих грехах, преподобный сжалился над ними, встал на молитву и долго со слезами молился о них Богу. И Господь, милостиво преклоняющийся на молитву рабов Своих, скоро даровал прощение покаявшимся разбойникам. После того они припали к ногам святого и воздали ему благодарение. Он отпустил их с миром, заповедуя при этом никому не рассказывать о случившемся. Разбойники при жизни преподобного молчали, по преставлении же его подробно рассказали о том.

Очистившись от страстей пустынными подвигами и терпением, преподобный Нил удостоился особых даров Святого Духа, которые проявлялись в дивных знамениях и чудесах в том числе дара прозрения. Наиболее богобоязненные из селигерских рыболовов посещали пустынника, когда ловили на озере рыбу, и приносили ему часть своего улова. Преподобный принимал от них рыбу с благодарением, как посланную Самим Богом, и питался ею во славу Божию. Один раз, окончив свою ловлю на озере, рыболовы пристали к Столобному острову и одного товарища послали с рыбой к преподобному Нилу. Увидев его еще издалека, святой закрыл оконце келлии своей и не отзывался на стук и зов посетителя. Рыболов возвратился к товарищам своим и рассказал о происшедшем. Товарищи спросили его: «Не сделал ли ты, брат, какого греха, что святой отвернулся от тебя?» Он сознался им в плотском грехе. Тогда рыболовы послали с рыбой к преподобному другого товарища. Святой охотно принял дар усердия и, благословив принесшего, отпустил его с миром. Придя к своим, он рассказал, как охотно принял от него дар пустынник, как благословил его. И рыболовы дивились дару прозрения, которым обладал преподобный Нил.

Много лет подвизался преподобный на указанном ему Богом острове. На месте вырубленного и сожженного прежде селигерцами леса поднялся новый, и вот опять нашелся дерзкий человек, который приехал ночью на остров и стал рубить вновь выросший лес на дрова. Имя этого поселянина было Стефан, прозвание — Шам. Он или забыл, что было прежде при порубке леса на острове, или не верил рассказам о знамениях благодати Божией, ограждавшей преподобного, и не считал его святым. И вот, когда Стефан нарубил целый воз дров и хотел уже ехать, вдруг, как страшный гром, раздался голос, говоривший: «Человече, перестань делать неприятности рабу Божию!» Крестьянин упал на землю и долго лежал, как мертвый. Когда он очнулся, как бы от крепкого сна, то опять пытался уехать с нарубленным лесом домой, но лошадь его не могла сдвинуться с места. Долго трудился Стефан, но все без успеха, и отсюда понял, что сила Божия ему не попускает съехать с острова с возом дров ради молитв преподобного. Нила. Поэтому, сложив с воза нарубленные дрова и обещаясь впредь никогда не рубить леса на Столобном острове, он отправился домой, но рассказал о чуде только после преставления преподобного.

Преподобный Нил обладал также даром совета и разума духовного. Поселянин Феодор Харитонов, живший нерадиво, пришел к нему, оскверненный плотским грехом. Преподобный, хотя и допустил его к себе, но обличил в грехе и дал ему наставление и увещание вести чистую жизнь. Слушая со вниманием наставления святого, Феодор пришел в страх Божий, начал часто навещать преподобного для душеполезных наставлений, провел остальное время жизни в целомудрии и чистоте и скончался добрым христианином. Для простого народа, косневшего во тьме невежества, преподобный Нил был поистине светильником пресветлым. На уединенный Столобный остров, как прежде в пустыню Серемхскую, к подвижнику приходило множество народа, жаждавшего получить от него наставление, совет, утешение или молитвенную помощь. Особенно почитали святого и часто бывали на острове осташковские жители. Видя, какие чудеса творит Бог по молитвам угодника Своего преподобного Нила, благочестивые осташковцы с верою начали призывать угодника Божия на помощь и прибегать к его молитвам. Замечая на озере обуреваемых волнами пловцов, святой Нил своими молитвами укрощал ветры и избавлял плавающих от опасности потопления; и во всяких скорбях и напастях он был скорым помощником и утешителем для всех, призывавших имя его в подкрепление молитв своих.

Проводя дни и ночи в молитве и помышлении о Боге, преподобный Нил не позволял себе и на краткое время ложиться на одр. Когда же доходил до крайнего изнеможения, то, стоя на коленях, для отдыха он опирался руками на два больших деревянных крюка, вбитые в стене его келлии. Преподобный Нил живо содержал всегда смерть в памяти своей. Но чтобы еще более усилить память смертную, подвижник еще за много лет до кончины выкопал в часовне могилу и, поставив в ней вытесанный своими руками гроб, приходил к нему каждый день плакать о грехах своих.

Среди неослабных подвигов поста, бдения и молитв преподобный приблизился к исходу из сей временной жизни, и Господь даровал ему извещение об этом. Теперь подвижник усердно молил Бога, да сподобит его причаститься Святых Христовых Таин, и молитва его была услышана.

Вскоре после того, по устроению Божию, прибыл на остров Столобное для посещения преподобного настоятель Никольского Рожковского монастыря игумен Сергий, духовный отец подвижника, и принес с собою Святые Дары. Увидев отца духовного, преподобный исполнился великой радости. По его просьбе игумен Сергий исповедал и приобщил его Святых Таин. После того, беседуя с Сергием, преподобный Нил исполнился пророческого вдохновения и сказал своему духовному отцу: «Отче святый! По моем отшествии к Богу на сем острове Бог воздвигнет храм в прославление Своего имени, и место сие будет жилищем иноков» (это сбылось через 40 лет по преставлении преподобного). Когда же игумен расставался с подвижником, то преподобный сказал ему: «Отче святый! Приди опять, посети меня грешного, приди Господа ради, приди». Игумен обещался посетить преподобного и отправился в свой монастырь.

Оставшись один, преподобный всю ночь провел в своей келлии на молитве. По окончании ее, почувствовав крайнее изнеможение, он оперся подмышками на крюки и в таком положении, предстоя пред Богом на молитве, уснул вечным сном. Кончина преподобного Нила последовала 7 декабря 1554 года. На другой день игумен Сергий и братия пришли посетить подвижника и нашли его уже почившим. Лицо святого было светло, как у живого; вся келлия наполнилась благоуханием. Опрятав честное тело преподобного и совершив надгробное пение, игумен Сергий с братией положили его во гроб, который сам угодник поставил для себя в часовне. Всего преподобный прожил в пустыне 40 лет; у реки Серемхи — 13 лет и 27 — на Столобном острове. Во все это время он неисходно пребывал в пустыне: не выходил ни в город, ни в села, непрестанно молился Богу, Которого возлюбил от утробы матери своей и от Которого восприял за то блага, уготованные любящим Его.

Спустя немного лет по преставлении преподобного Нила на Столобенский остров пришел иеромонах Герман — из братии близлежащего Николаевского Рожковского монастыря. Много слыша о жизни и подвигах преподобного Нила, он питал к нему в душе великое благоговение и любовь и желал, пополнив сведения о святом, написать его житие. Поэтому несколько раз посещал он Столобенский остров как для молитвенного общения с преподобным, так и для того, чтобы слышанное о нем проверить и пополнить на месте свидетельствами лиц, знавших преподобного. В то время пустынный остров стали посещать любители уединения, и некоторые проживали в келлии преподобного Нила довольно долгое время.

Первым поселился здесь игумен одного из новгородских монастырей Антоний, с которым Герман прожил вместе на острове три года. Пустынники возобновили над могилой преподобного часовню, а поверх могилы устроили гробницу и накрыли ее покровом. Прожив три года, Антоний и Герман оставили остров. В это время над мощами преподобного время от времени стали совершаться чудеса и знамения.

Приходящие ко гробу угодника Божия с теплой верой больные и немощные получали исцеление от своих недугов. Но те, которые не почитали почившего святого, не берегли места его подвигов, получали грозное вразумление. Проезжал раз озером в Осташков Иоанн Куров. Он завернул к острову Столобному, потом пошел в часовню на гроб преподобного. Куров прельстился покровом, лежавшим на гробе святого, и думал присвоить его себе. Когда он начал поднимать покров, то увидел, что вместе с ним поднимается и гробница. Иоанн так испугался, что помешался умом, проболел полгода и исцелился только тогда, когда покаялся перед гробом чудотворца.

Один житель Осташкова хотел срубить большую сосну перед келлией преподобного Нила, но неведомой силой был откинут далеко от нее, вразумился и просил прощения у гроба святого. Другой, рубя это дерево, сломал три топора и также с раскаянием вернулся домой. И долго после кончины преподобного Нила на горе пустынного острова стояла эта сосна, видимая со всех сторон издалека, напоминавшая проезжавшим о месте подвигов пустынника.

Около 1590 года Герман снова пришел в пустыню преподобного, которая уже славилась чудесами. В то время здесь жил странник Борис Холмогорец. При помощи многих боголюбивых окрестных жителей Герман и Борис построили на Столобном острове первую деревянную церковь во имя Богоявления Господня с приделом во имя блаженного Василия, Христа ради юродивого, Московского чудотворца.

Вскоре после устроения храма двумя иноками Вознесенского Оршина монастыря был написан лик преподобного Нила. Лик преподобного писан был по рассказам тех, кто знал его при жизни и хорошо его помнил.

Вслед за этим, через 40 лет после преставления преподобного Нила, при содействии Божием собрались на острове иноки, поставили келлии, обнесли все строения оградой и начали здесь жить. Таким образом устроился на Столобном острове в честь и память преподобного Нила общежительный монастырь. Обитель эта приняла название по имени преподобного Нила и называется с того времени и поныне Ниловой пустынью. Первым настоятелем (строителем) монастыря был поставлен иеромонах Герман.

После устроения обители на Столобном острове чудеса на гробе преподобного Нила не переставали совершаться. Упомянем два из них.

В праздник Василия Блаженного (2/15 августа), когда в пустынь собирались богомольцы, два мальчика зашли в часовню, где находился гроб преподобного, и по неразумию начали играть, бросать один в другого рябиной. Внезапно загремел страшный гром, дети обмерли и упали на землю. Когда народ увидел мальчиков, лежавших без движения, стали служить угоднику молебен и призывать его на помощь. Дети пришли в себя и рассказали, что когда они бросали рябину, то увидели старца, который велел им перестать; они не послушали его и от страшного грома упали на землю. По усердной молитве родителей дети возвратились домой здоровыми.

Исаия Травков, слуга боярина Вельского, проезжая раз озером Селигером мимо Столобного острова, кощунственно говорил перед своими спутниками: «Хотя ты, Нил, и свят, а все-таки я проеду мимо». Когда Исаия вернулся домой, он внезапно захворал каменной болезнью. Едучи в другой раз по озеру, Исаия почувствовал себя особенно плохо, еле дышал и говорил едущим с ним, что он умирает. Тут он вспомнил о своем кощунстве, понял, что наказан преподобным, и просил привезти его на остров Столобный. Как только вынесли Исаию на остров, ему стало лучше; он сам дошел до часовни, перед гробом угодника Божия покаялся в своем безумии и получил исцеление. После того преподобный Нил явился Исаии во сне и сказал: «Почему ты не заезжаешь к Нилу и говоришь, что он не творит чудес? А это разве не чудеса?» И потом по книге начал читать сказание о чудесах своих. После этого вразумленный Исаия почитал преподобного Нила великим чудотворцем.

Однако, несмотря на многие чудеса, более ста лет святые мощи преподобного Нила пролежали в земле. Они были обретены при таких обстоятельствах.

В августе 1665 года в Ниловой пустыни произошел пожар: церковь и все другие деревянные здания монастыря сгорели. Архиепископу Нектарию, управлявшему тогда Ниловым монастырем, пришла мысль построить в обители каменную церковь. Он испросил на это разрешение у царя Алексия Михайловича, но до начала строения не дожил (скончался 15 января 1668 года). Строение каменной церкви пришлось начинать его преемнику по управлению монастырем игумену Герману II. По грамоте Патриаршего Местоблюстителя Новгородского митрополита Питирима в мае месяце 1667 года приступили к работам. Разобрана была деревянная часовня, временно устроенная после пожара над гробницей преподобного Нила, и 24 мая начали копать рвы под фундамент нового храма по составленному заранее чертежу. На другой день ров довели до того места, где по чертежу линия его проходила в полутора аршинах от гробницы преподобного.

Копали в этом месте братия монастыря под наблюдением игумена, чтобы не потревожить святые мощи, но 27 мая земля, закрывавшая их, сама собою внезапно осыпалась, и мощи преподобного обнаружились: гроб и тело истлели, а кости все оказались целы (это событие последовало через 112 лет после преставления преподобного Нила).

Обретение мощей преподобного Нила предуказано было монастырю некоторыми чудесными знамениями и явлением самого преподобного. С 17 на 18 мая, в третьем часу ночи, иеромонах Ниловой пустыни Леонтий и монастырские работники ловили рыбу на озере в шести верстах от монастыря и видели над ним столп огненный, который стоял от земли до неба и потом спустился на землю. За два дня до обретения мощей, на восходе солнца, когда братия начали копать ров близ гробницы преподобного, работники монастыря, ловившие рыбу в двух верстах от обители, видели над гробницей большую горящую свечу и подумали, что перед гробом чудотворца совершают молебен.

В самый день обретения мощей явился преподобный Нил иеромонаху пустыни Александру во время его дневного отдыха, повелевая ему воспрянуть от сна. В тот же день преподобный явился, лежа на одре, и самому игумену Герману, как бы живой, повелевая поднять себя с одра.

Игумен Герман с братией монастыря, воздав благодарение Богу, с глубоким благоговением вынули святые мощи из земли, положили их в новый деревянный гроб и, накрыв их, поставили поверх земли. Потом отправили донесение об этом царю Алексию Михайловичу и митрополиту Питириму. В июне месяце от митрополита отправлена была в Нилову пустынь грамота, которой поручалось самому игумену с братией совершить открытие святых мощей. При этом предписывалось, переложив святые мощи в новую раку, поставить их — до окончания каменного соборного храма — в построенной на время деревянной Покровской церкви, а обретение святых мощей каждогодно праздновать 27 мая/9 июня. Когда постройка каменного храма была окончена, святые мощи торжественно перенесли сначала в придел святого Иоанна Богослова (в 1669 г.), а затем в 1671 году, когда каменный храм был освящен, поставлены здесь на правой стороне, повыше правого клироса. Со времени открытия мощей, как и ранее его, при гробе преподобного Нила совершались многочисленные чудеса. Неиссякаемо изливаются они для всех истинно верующих и доныне.

Каждый год в день обретения мощей преподобного Нила, 27 мая/9 июня, совершается особенное торжество в Столобенской пустыни: обнесение святых мощей вокруг монастыря и крестный ход из города Осташкова. Крестный ход отправляется в Нилову пустынь по озеру Селигеру на особо устроенной барке, на которой помещаются хоругви и иконы с духовенством; барку эту сопровождает множество богомольцев на лодках.

Яко светильник всесветел явился еси во острове Селигера езера, преподобне отче Ниле, ты бо крест Христов от юности своея на рамо взем, усердно Тому последовал еси, чистотою Богови приближився, отонудуже и чудес дарованием обогатился еси. Тем и мы, притекающе к раце мощей твоих, умильно глаголем: отче преподобне, моли Христа Бога спастися душам нашим.

Отечества, преподобне, удалився, в пустыню вселился еси, и на остров Селигера езера возшед, жестоко житие показал еси, и многих добродетельми удивив, дарования чудес от Христа приял еси. Поминай нас, чтущих память твою, да зовем ти: радуйся, Ниле отче наш.

В тот же 7/20 день месяца декабря совершается память преподобного Иоанна Постника, в Ближних пещерах почивающего.