«Остался я сиротою, — так рассказывал сам святой Иона, в миру Иоанн, — после отца семи лет, а после матери — трех лет. Бог положил на сердце вдовице Наталии Медоварцевой: взяла она меня в свой дом, кормила и одевала, и отдала меня дьяку учиться грамоте. В училище было множество учащихся; я от бедности был тихий. В один день дети играли после вечерни. Идет по улице блаженный муж; дети, кинувшись на него, бросали в него камешки и в глаза сор, а я стоял, не трогаясь с места. Блаженный, оставив детей, прибежал ко мне, взял меня, поднял выше себя и, вовсе не зная меня, называл меня по имени. «Ванюша! — говорил. — Учись грамоте, быть тебе в Новгороде архиепископом». Потом обнял Ваню и убежал. Это был блаженный Михаил Клопский. В зрелых летах Иоанн удалился в Отнюю пустынь, за 50 верст от Новгорода, где и постригся. По смерти основателя обители Харитона Иона, как благочестивый строгий подвижник, был избран братией в игумена. Новгородцы, увидев бескорыстное усердие нового настоятеля к своей обители, полюбили игумена и обитель и стали щедро благотворить ей. И при нем Отняя пустынь становилась очень достаточной. В 1452 году в Отней пустыни был построен великолепный сменный храм трех святителей. Искусные живописцы, лучшие того времени, написали иконы для иконостаса, расписали стены храма.

В 1458 году, по смерти владыки Евфимия (11 марта 1458 г.), новгородцы единодушно избрали его на архиепископскую кафедру. Святой Иона явился пастырем добрым. Он учил новгородцев и словом, и делом. Ко всем благорасположенный, святитель особенно, помня свое сиротство, заботился о бедных и сиротах, успокаивал беспомощных вдов, избавлял обижаемых от насилия. Святитель Иона пользовался большим уважением в Москве и не раз удерживал мятежный Новгород от союза с Литвой. При его святительстве и Псков, сильно желавший иметь у себя особого епископа, подчинился воле Новгородского владыки, который не раз посещал этот город.

Перед кончиной своей (март 1461 г.) великий Московский святитель Иона желал видеть в Москве блаженного архиепископа для совета о своем преемнике и с мыслью о назначении его на эту кафедру. Смиренный архиепископ отвечал: «Я уже стар, ноги у меня слабы, не могу исполнить желания твоего, святой отец; увидимся в той жизни». Он послал только обыкновенное согласие свое на избрание того, кто признан будет за достойного Собором. Новый митрополит Феодосий прислал Новгородскому архиепископу подтверждение охранять паству от сношений с униатом Григорием. Не оставляя забот о своей пастве, святитель Иона обратил заботливую любовь свою на Отнюю пустынь. В 1462 году построил он в ней каменный храм в честь святого Иоанна Предтечи и в том же храме — придел в честь святого Онуфрия. В следующем году построили там же теплый каменный храм святителя Николая с братской трапезой. Отняя пустынь усердием святителя сделалась богатым монастырем. Архиепископ Иона по обету, данному им в одну из поездок в Москву, построил в Новгороде первый на севере Руси храм в честь преподобного Сергия Радонежского (1463 г.). Заботясь о возрождении преданий новгородской церковной старины, он вызвал в Новгород известного составителя житий святых иеромонаха Пахомия Логофета, который на основании местных источников написал службы и жития наиболее известных новгородских святых и канон святителю Ионе, митрополиту Московскому, по его прославлении. К тому времени относится начало основания Соловецкого монастыря. Святитель Иона оказал большую помощь и содействие устройству обители. Преподобному Зосиме он выдал особую благословенную грамоту, по которой отдавал (вместе с мирскими властями Новгорода) во владение новой обители весь Соловецкий остров. После многих трудов святитель, чувствуя приближение своей кончины, написал духовную, завещая похоронить тело его в Отненской обители. 5 ноября 1470 года, причастившись Святых Таин, святитель отошел ко Господу. До наших дней дошло послание святителя к митрополиту Феодосию, написанное в 1464 году. Житие святителя имеется также в Великих Четьих-Минеях митрополита Макария под 5 ноября. В 1453 году после открытия мощей архиепископа Ионы было составлено слово об этом событии, принадлежащее перу инока Зиновия Отенского. Особое сказание о чудесах святителя встречается в рукописях XVII века.