Биотой называется совокупность организмов одной экосистемы, а микробиота – соответственно совокупность микроорганизмов одной экосистемы. Микробиоту человека формируют, таким образом, все микроорганизмы, находящиеся внутри него и снаружи на нем, его кишечную микробиоту – микроорганизмы в его кишечнике, кожную микробиоту – микроорганизмы на его коже и т. д.