24 января 1881 года в деревне Карманово Вышневолоцкого уезда Тверской губернии в бедной крестьянской семье у Кузьмы и Ирины Агаповых родился сын. При крещении младенца назвали Василием, в честь святителя Василия Великого. В семь лет Василий был определен в земскую трехклассную школу. В десять лет мальчик уже трудился в швейной мастерской своего крестного отца в Санкт-Петербурге.

19 апреля 1903 года Василий был принят в монастырь Макария Римлянина. «Послушание мне, конечно, было дано по моей специальности — шить одежду. Меня радовала установка монастырской жизни, ежедневное хождение в церковь. Я углубился в чтение книг и молитву Иисусову… Когда я читал книгу о грехопадении или о высоте добродетели, то не мог удержаться, чтобы не плакать… Через семь лет я дошел до такого состояния, что не было у меня мысли посторонней: все забыл и не напоминалось мне мирское; и к этому я еще приложил, по совету аввы Дорофея, самоукорение, а оно возбуждало чувство покаяния. Когда я коснулся немного самоукорения со смирением, то они у меня вызывали чувство покаяния и слезы».

1 июня 1908 года он был облачен настоятелем монастыря в рясофор, через три года последовало пострижение в мантию. При постриге Василий получил новое имя Афиноген, в память севастийского епископа — мученика.

9 декабря 1912 года отец Афиноген был рукоположен в сан иеродиакона в новгородском Софийском соборе. 18 июня 1917 года иеродиакона Афиногена рукоположил во иеромонаха архиепископ Новгородский и Старорусский Арсений (Стадницкий) в Воскресенско-Макарьевском монастыре. Прихожане очень любили кроткого подвижника, все стремились попасть на исповедь именно к нему, с вечера до глубокой ночи, а бывало и до утра приходилось отцу Афиногену исповедовать верующих.

15 июля 1924 года иеромонах Афиноген был арестован. Шесть месяцев ему пришлось провести в городской тюрьме Новгорода в ожидании приговора, затем последовала трехлетняя высылка из Северо-Западного региона России.

После освобождения он вернулся в родную обитель, однако 18 февраля 1932 года он был вновь арестован, на этот раз ему пришлось отбывать трехлетний срок в концентрационном лагере, участвовать в строительстве Беломорканала.

Вместо положенных трех лет его освободили через два года. Батюшка стал жить «как все»: работал сторожем, занимался шитьем. Очень тяжело переживал он то, что со дня ареста не имел возможности служить в церкви.

Вскоре после начала войны он поехал в Любань, которую вскоре заняли немцы. Там, 11 сентября 1941 года, в день Усекновения главы Иоанна Предтечи, батюшка совершил первое богослужение. Множество верующих приходило к нему каяться в накопившихся грехах и причащаться Святых Христовых Тайн. Позже батюшка попал в Спасо-Преображенскую Волгунскую пустынь. Здесь ему довелось встретиться с иноками Псково-Печерского монастыря. После войны отец Агафон с частью братии вернулся в родную обитель. В сентябре 1944 года отца Афиногена отправили в Ригу в женский Свято-Троицкий монастырь, а в следующем году он был официально переведен в Псково-Печерский монастырь и утвержден в должности монастырского казначея и ризничего. Наряду с этими послушаниями он исполнял седмичную череду священнослужения и, как и прежде, шил церковные облачения и одежду для братии.

В каждодневном иноческом подвиге старец живо ощущал помощь своих духовных сотаинников — преподобного Нила Столобенского, святого праведного Иоанна Кронштадтского, псково-печерских святых. Особенно же почитал святителя Василия Великого, чье имя получил при крещении. С этим святым отец Афиноген имел некую внутреннюю связь, даже был поучаем им в трудные минуты жизни и видел в нем первейшего своего защитника от бесовских нападений.

В 1947 годе, на Вход Господень в Иерусалим, отец Афиноген был удостоен сана игумена и награжден палицей. В 1949 году епископ Владимир (Кобец) благословил старца временно совершать богослужения на Псковском озере, на острове Залит. Последние 13 лет его жизни были неразрывно связаны с Псково-Печерским монастырем.

Старец Афиноген всего себя отдавал служению ближнему. Зная о чудесах исцеления по молитвам старца, люди со всей страны стремились в Псково-Печерский монастырь. По молитвам отца Афиногена случались и исцеления.

24 февраля 1979 года старец умер так же тихо, как и жил.

Ты живи проще — как малое дитя. Господь такой любвеобильный, что ты и представить себе не можешь. Хотя мы и грешные, все равно иди к Господу и проси прощения. Только не унывай — будь как ребенок. Он, хотя и разбил самый дорогой сосуд, все равно с плачем идет к отцу, а отец, видя свое дитя плачущее, забывает тот дорогой сосуд. Он берет это дитя на руки, целует его, прижимает к себе и сам же уговаривает свое дитя, чтобы оно не плакало. Так и Господь, хотя, бывает, что мы делаем и смертные грехи, Он все равно ждет нас, когда мы к Нему придем с покаянием.