20 июня 1941 года Генштаб сухопутных войск передал в войска кодовое слово «Дортмунд», в соответствии с которым 22 июня в три часа утра (по берлинскому времени) части вермахта перешли советско-германскую границу: для Германии началась очередная кампания Второй мировой войны, для Советского Союза – Великая Отечественная война. С началом войны против СССР значение Генштаба сухопутных войск резко возросло. На него было возложено руководство военными действиями на советско-германском театре военных действий, а все другие фронты переданы в ведение Верховного командования вермахта (ОКВ) и его Штаба оперативного руководства. То есть с июня 1941 года именно Франц Гальдер и подчиненный ему аппарат – порядка 1200 человек – были ответственны за планирование и осуществление операций на Востоке.

В связи с возложением на Генштаб новых обязанностей произошло разделение основных его служб. Те, что отвечали за общее планирование и тыловые службы, остались в Цоссене, а оперативная составляющая Генштаба переехала в специально обустроенную полевую Ставку ОКХ под Мауервальдом в Восточной Пруссии, поближе к полевой Ставке фюрера «Вольфшанце» под Растенбургом. Первые успехи вермахта полностью оправдали наметки Гальдера, и 3 июля 1941 года – всего через 11 дней после начала войны – он записал в своем дневнике, уже абсолютно уверенный в скором поражении СССР: «В целом можно сказать, что задача разгрома главных сил русской сухопутной армии перед Западной Двиной и Днепром выполнена… Поэтому не будет преувеличением сказать, что кампания против России выиграна в течение 14 дней».

Успешное развитие Восточной кампании вскоре привело к довольно серьезному конфликту между Гитлером и начальником Генштаба. В соответствии с когда-то разработанным планом генерала Маркса, Гальдер продолжал считать главной целью первого периода кампании столицу СССР – Москву. Однако Гитлер, объявивший войну на полное истощение противника, считал значительно более важным уничтожение живой силы противника и установление контроля над наиболее ценными в экономическом отношении южными областями СССР: зерновыми житницами Украины и Кубани, донбасским углем, и, в перспективе, нефтяными месторождениями Северного Кавказа. Поэтому пока группа армий «Центр» генерал-фельдмаршала Федора фон Бока развивала успешное наступление на Москву, Гитлер неожиданно принял решение перебросить танковые соединения этой группы армий на север и на юг. Бок категорически протестовал, его поддержали Гальдер и Браухич. С точки зрения чистой стратегии все было правильно, но политика диктовала свои правила. Гитлер не собирался брать ни Москву, ни Ленинград, он решил окружить их фланговыми ударами, а затем задушить их блокадой. Главной целью стратегии Гитлера было уничтожение личного состава РККА, а по сформулированному еще Мольтке постулату, целями вермахта было, с точки зрения Гальдера, разгром вооруженных сил противника и захват стратегически выгодных пунктов. Гитлер посчитал возможным в первой – осенней – кампании 1941 года добиться сразу нескольких целей, Гальдер же хотел брать Москву. Естественно, Гитлер сумел настоять на своем плане кампании, несмотря на ожесточенное сопротивление генералов. Снятие танковых частей с центрального участка фронта принесло большие успехи на севере и юге, но резко снизило темп наступления на Московском направлении, что дало возможность Гальдеру (и другим генералам) после войны заявить, что «Восточная кампания» была бы выиграна, если бы не «дилетантское» вмешательство Гитлера в руководство войсками.

Мыслившие исключительно военными категориями Браухич и Гальдер – и не только они, но и, например, фон Бок и Гудериан – предприняли все усилия, чтобы добиться разрешения продолжить наступление под Москвой. Однако Гитлер настоял на решающем значении военно-промышленного потенциала Юга: если мы лишим СССР украинского хлеба, донбасского угля и кавказской нефти, утверждал он, Россия задохнется и не сможет более продолжать борьбу. Таким образом, попытки Гальдера успехом не увенчались и его обе докладные записки (от 12 и 22 августа 1941 года) были проигнорированы. Гальдер стал подбивать Браухича на отставку, но последний сумел отговорить от этого своего начальника Генштаба, апеллируя к его долгу офицера и важности их работы для блага Германии.

Новое наступление на Москву было намечено на конец сентября – 30-го числа этого месяца вперед пошла группа Гудериана, а 2 октября «группа армий [“Центр”] перешла в наступление в полном соответствии с планом. Наступление проходит с такой легкостью, что невольно задаешься вопросом, уже не сбежал ли противник», – записал командующий группой армий «Центр» Федор фон Бок. Однако при подготовке операции «Тайфун» Генштаб не смог просчитать ситуацию. Были не только недооценены силы и воля к сопротивлению РККА, Генштаб также ошибся в расчете необходимых для наступления сил и не смог обеспечить бесперебойное снабжение наступающей группировки, в том числе и не принял во внимание ухудшающиеся поздней осенью – ранней зимой в России погодные условия. Пытаясь контролировать действия группы армий, Гальдер ставил перед группой армий «Центр» нереальные задачи.

Наступление развивалось тяжело, по советским данным, с 16 ноября по 5 декабря немцы потеряли под Москвой более 155 тысяч человек убитыми и ранеными, около 800 танков, 300 орудий и 1500 самолетов. Правда, и РККА понесла огромные потери: с 30 сентября по 5 декабря ее безвозвратные потери под Москвой составили почти 515 тысяч человек, а санитарные еще 144 тысячи человек. Кризис завершился 5 декабря, когда в контрнаступление под Москвой перешли войска Западного, Калининского и правого крыла Юго-Западного фронтов. Теперь и Гальдер понял, что «Тайфун» провалился, и начал сетовать на то, что Гитлер не хочет принять его аргументов о полном истощении группы армий «Центр». Гальдер был вынужден признать, что его оценка ситуации была ошибочной, а его непосредственный начальник генерал-фельдмаршал фон Браухич, взяв на себя ответственность за все ошибки, подал в отставку. 19 декабря 1941 года Гитлер принял отставку Браухича. Однако фюрер решил никого не назначать на вакантный пост и объявил себя еще и главнокомандующим сухопутными войсками (в дополнение к посту Верховного главнокомандующего вермахтом). С этого момента Гальдер уже де-юре стал подчиняться непосредственно Гитлеру, став его первым и ближайшим помощником по руководству военными операциями на советско-германском фронте.

Уходя в отставку, Браухич объявил Гальдеру, что освобождает его от обещания также оставить пост: такой договоренности они достигли несколько раньше, причем по инициативе именно Гальдера, который таким образом уже изначально планировал свою возможную отставку как крупный акт протеста. Но получилось так, что даже в общем-то не очень решительный Браухич оказался более принципиальным, чем неоднократно заявлявший о своем неприятии нацистского режима Франц Гальдер. В это же время, в связи с отставкой Браухича, а также расширением войны и изменением ситуации на фронте, Гитлер несколько перестроил управление вооруженными силами. За Гальдером осталось планирование и осуществление операций на советско-германском фронте, все остальные фронты – за Верховным командованием вермахта. Кроме того, Гитлер, приняв на себя обязанности главнокомандующего сухопутными войсками, не мог в полной мере исполнять его функции, прежде всего в отношении тех аспектов ОКХ, которые не имели непосредственного отношения к оперативному руководству войсками. Эти задачи фактически теперь были переданы ОКВ, и Гальдер, таким образом, утратил контроль за ОКХ, на которое мог ранее оказывать влияние через Браухича. Подобное усиление ОКВ имело также целью освободить начальника Генштаба от несвойственных ему функций и дать ему возможность полностью сконцентрироваться на военных операциях на Востоке.

После войны Гальдер, отстаивая честь мундира, постоянно подчеркивал, что противился «авантюрным» планам Гитлера. Реальная ситуация была несколько другой: когда Гальдер стал говорить о некомпетентности Браухича – тот уже был в отставке и не мог ответить на обвинения, затем – и это самое главное – он фактически полностью воспринял методы руководства и главные направления общей стратегии Гитлера на Востоке. Вслед за Гитлером он категорически отвергал просьбы командующих войсками об отступлении или переходе в оборону. Лишь в начале 1942 года он на совещаниях в Ставке некоторое время выступал за переход на Востоке к «стратегической обороне», но довольно скоро изменил свою точку зрения и взялся за разработку планов новых наступлений – как того и требовал Гитлер. Дальше этих слабых попыток столь разрекламированное Гальдером после войны «противодействие» не пошло, мало того – Генштаб даже не стал тратить время на разработку детальных оперативных планов этой самой «стратегической обороны».

В конце марта 1942 года Гальдер представил план новой наступательной кампании на Востоке, который предусматривал наступление на севере и на юге, с перспективой захвата Сталинграда и нефтеносных районов Северного Кавказа. То есть именно то, что требовал Гитлер. Вопрос о том, был ли он согласен с этими планами, – вторичен. Тем более что нет сведений ни о каких-либо прошениях Гальдера об отставке, ни о каких-либо его меморандумах, в которых он бы обосновал свою позицию, отличную от позиции Верховного главнокомандующего. Составленный, а затем и доработанный Генштабом план «Блау» изначально ставил перед вермахтом слишком масштабные цели, на которые он был неспособен – прежде всего из-за сильного утомления войск, большого некомплекта в личном составе и недостатке техники. Кроме того, Гальдер вслед за Гитлером не смог реально оценить силы противника, и в дальнейшем оказалось, что РККА обладает значительно более крупными силами, чем это было «нужно» для операции «Блау». Фактически можно сказать, что, составляя план новой кампании, Генштаб сухопутных войск проявил некомпетентность, при именно в тех областях, где он должен был проявить профессионализм. В то же время по различных частным вопросам у Гальдера с Гитлером возникали постоянные конфликты – прежде всего во время ежедневных совещаний в Ставке. Например, Гальдер выступал против одновременного наступления на Сталинградском и Кавказском направлениях, предлагая провести эти операции одну за другой. Раздраженный Гальдер в беседах со своими коллегами не раз уничижительно отзывался о «полководческих способностях» Гитлера, этого «богемского ефрейтора».

В августе – сентябре 1942 года стало ясно, что план «Блау» провалился. Гальдер категорически отказался признать в этом вину Генштаба сухопутных войск и пошел чуть ли не на прямой конфликт с Гитлером. Совещания в Ставке приняли вид постоянных склок и споров: Гальдер критиковал все предложения и планы Гитлера, доказывая, что они не осуществимы. В то же время Гальдер не предлагал своему Верховному главнокомандующему каких-либо альтернативных планов исправления существующей ситуации. В результате в сентябре 1942 года возник острый кризис командования, Ставка пребывала в постоянных спорах, а ситуация на фронте требовала принятия быстрых и кардинальных решений. Терпеть дальше Гитлер не хотел – хотя он очень тяжело расставался со своими постоянными сотрудниками. Теперь же он в очередной раз обвинил генералов, что они не могут реализовать его «гениальные планы» и являются единственной причиной неудач вермахта. 24 сентября 1942 года он отстранил Франца Гальдера от занимаемой должности и отправил в резерв ОКХ. «Эпоха Гальдера» в Генштабе сухопутных войск Германии завершилась.