Уже вскоре после своего создания СЭБ ФСБ РФ по своей структуре стала напоминать аппарат ЦК КПСС с его отраслевыми отделами, каждый из которых дублировал деятельность того или иного правительственного учреждения. Не важно, как это называется, важно, что у каждого государственного ведомства с этого момента появился «дублер».