30 сентября 2016 года агентство Fitch Ratings , что, несмотря на низкий уровень просрочки по кредитам, реальное качество активов «Пересвета» потенциально более слабое. «По многим заемщикам имеются некоторые признаки аффилированности друг с другом или с акционерами или менеджментом банка», — утверждали аналитики Fitch. В частности, речь шла о венчурных проектах, которые финансировал «Пересвет», рассказал «Медузе» источник, знакомый с состоянием дел в банке.

«Пересвет» охотно вкладывал деньги в инновационные проекты через компанию «Сберинвест», в которой банку принадлежит 18,8%. Под управлением «Сберинвеста» шесть региональных венчурных фондов в Воронежской, Калужской, Тверской и Челябинской областях, Башкортостане и Краснодарском крае. Финансирование инноваций долевое: 50% — бюджет, остальное — инвесторы компании, которым зачастую оказывался «Пересвет». Среди проектов региональных венчурных фондов — установки по электрогазогенерации из сахарной свеклы, проект создания бесплотинной гидроэлектростанции, разработка кормов для животных на основе молока, свиного жира и сахарной пудры, а также озонатора «Гроза пчел». По подсчетам «Медузы», банк мог вложить в региональные инновации около 1,3 миллиарда рублей.

В мае 2016 года прокуратура Челябинской области проверила деятельность местного «Сберинвеста» и пришла к выводу, что деньги расходовались неэффективно. В ответ «Сберинвест» отстранил регион от управления фондом. «Фактически все семь лет существования фонда деньги — а мы направили туда 240 миллионов рублей — лежали на счетах банка [„Пересвет“]. Сам же банк просто сделал внутреннюю проводку и показал, что он якобы вложил свою долю в фонд. Расчетные счета компаний, проекты которых финансировались, открывались в том же банке», — тогда директор венчурного фонда Челябинской области Юрий Узких. Представители региона не имели влияния на выбор проектов для финансирования. Аналогичные проблемы возникли и в Краснодарском крае.

Еще около полутора миллиардов рублей «Пересвет» вложил в создание с «Роснано» венчурного фонда «Наномет». Однако между партнерами случился конфликт. В начале 2016 года «Роснано» подала иск к банку и «Сберинвесту», их в незаконном переводе 90 миллионов долларов со счетов «Наноэнерго», размещенных в «Пересвете», на счета российских компаний, аффилированных со «Сберинвестом». Деньги ушли на реализацию инновационных проектов фонда «Наномет» по  электроэнергии из рисовой шелухи (пилотная установка запущена в Краснодарском крае), тепловой из куриного и свиного помета, производству цемента из золы подсолнечника, а также созданию «литой арматуры, упрочаемой наноразмерными частицами». В феврале 2016 года член совета директоров и основатель «Сберинвеста» Олег Дьяченко РБК: «Вы же видите, я на свободе. Значит, деньги не пропали». На звонки «Медузы» Дьяченко не ответил. В «Роснано» воздержались от комментариев.

«Сберинвест» и до этого попадал в неловкие ситуации. В 2008 году журнал Tatler рассказал о замдиректора компании Станиславе Шувалове, который ездит по Москве на Porsсhe и владеет двумя заграничными виллами, назвав героя племянником первого вице-премьера Игоря Шувалова. (Официальный представитель чиновника Александр Мачевский эту информацию, сказав, что никакого племянника у Шувалова нет.)

«Пересвет» в большинстве проектов выступал и как инвестор венчурных фондов, и как кредитор проектов, в которые инвестировались средства, рассказывает источник «Медузы», знакомый с состоянием дел в банке. «Если куриное говно не превратится в электроэнергию, в дураках останется только банк, а точнее — его вкладчики», — резюмирует он.